More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4538 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  100 
 
 		 169 aa  342  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  68.07 
 
 		 184 aa  226  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  68.61 
 
 		 150 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  68.61 
 
 		 152 aa  198  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2129  MerR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 150 aa  194  7e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.802398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  68.61 
 
 		 161 aa  193  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2967  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  67.88 
 
 		 156 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0340992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  67.14 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  65.69 
 
 		 151 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 151 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 149 aa  189  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 151 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  65.69 
 
 		 156 aa  187  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  65.19 
 
 		 144 aa  183  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9086  putative transcriptional regulator, MerR family  66.67 
 
 		 162 aa  182  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  64.18 
 
 		 154 aa  183  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4811  MerR family transcriptional regulator  64.54 
 
 		 144 aa  183  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.229804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.77 
 
 		 154 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.69 
 
 		 152 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.69 
 
 		 152 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.69 
 
 		 152 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.69 
 
 		 152 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.69 
 
 		 152 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  59.87 
 
 		 171 aa  179  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 152 aa  178  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1922  MerR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 155 aa  177  8e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  67.86 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0738  transcriptional regulator, MerR family  63.57 
 
 		 160 aa  176  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4277  MerR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 143 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.637089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4363  MerR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 143 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0411786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4656  MerR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 143 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.871775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.22 
 
 		 159 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  62.68 
 
 		 173 aa  174  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1341  MerR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 148 aa  174  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.446119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  60.28 
 
 		 162 aa  173  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  64.18 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  58.87 
 
 		 151 aa  172  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  61.76 
 
 		 153 aa  169  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  56.55 
 
 		 152 aa  169  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  59.7 
 
 		 165 aa  167  5e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  53.33 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1373  MerR family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 159 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  55.22 
 
 		 150 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  60.45 
 
 		 153 aa  163  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.96 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  58.21 
 
 		 163 aa  161  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4431  transcriptional regulator, MerR family  64.18 
 
 		 160 aa  161  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290243  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  58.09 
 
 		 155 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  54.61 
 
 		 145 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 158 aa  160  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1966  transcriptional regulator, MerR family  63.7 
 
 		 155 aa  160  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000297683  unclonable  0.0000000258793 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  58.73 
 
 		 148 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  58.39 
 
 		 158 aa  160  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 145 aa  158  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  52.55 
 
 		 145 aa  158  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  55.47 
 
 		 161 aa  157  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  52.55 
 
 		 143 aa  157  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00260  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.11 
 
 		 169 aa  156  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  55 
 
 		 155 aa  155  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3207  putative transcriptional regulator, MerR family  55.97 
 
 		 143 aa  153  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.789074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 163 aa  151  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0157  MerR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 167 aa  147  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 156 aa  147  5e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  51.41 
 
 		 146 aa  147  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1480  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.59 
 
 		 148 aa  147  9e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00810919  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  51.08 
 
 		 166 aa  144  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01270  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.96 
 
 		 165 aa  144  6e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 146 aa  144  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  49.26 
 
 		 148 aa  143  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0250  transcriptional regulator, MerR family  55.56 
 
 		 154 aa  143  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 151 aa  141  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.08 
 
 		 156 aa  140  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1995  MerR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.414348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36770  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.99 
 
 		 167 aa  137  7.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.25815  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 159 aa  136  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 158 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  135  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1582  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 151 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 138 aa  73.6  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  31.2 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>