More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4287 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4287  rare lipoprotein A  100 
 
 
94 aa  191  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3653  rare lipoprotein A  69.89 
 
 
175 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.582784  normal  0.812873 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0403  rare lipoprotein A  68.13 
 
 
200 aa  123  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4315  rare lipoprotein A  68.13 
 
 
200 aa  121  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4990  rare lipoprotein A  64.13 
 
 
227 aa  120  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141289  normal  0.0854565 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3150  rare lipoprotein A family protein  62.64 
 
 
211 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1631  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
242 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3399  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
242 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0569835  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3821  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
230 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577854  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0121  rare lipoprotein A  64.84 
 
 
199 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2970  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
211 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3902  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
211 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2911  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
230 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.339601  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0043  rare lipoprotein A family protein  61.54 
 
 
211 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4319  rare lipoprotein A  66.3 
 
 
212 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.617805 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3389  rare lipoprotein A  60.44 
 
 
214 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0268  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
203 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.170156 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0286  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
213 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.838824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4952  rare lipoprotein A  61.8 
 
 
121 aa  115  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.464519  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0214  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
203 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.104099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4924  rare lipoprotein A  58.51 
 
 
121 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01215  hypothetical protein  58.06 
 
 
267 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0200  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
203 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0471  putative rare lipoprotein A  56.99 
 
 
263 aa  114  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420345  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2820  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
213 aa  114  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004224  rare lipoprotein A precursor  58.24 
 
 
267 aa  114  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2837  rare lipoprotein A  62.5 
 
 
121 aa  114  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0195  rare lipoprotein A  57.14 
 
 
202 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489761  hitchhiker  0.00000000287556 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2591  rare lipoprotein A  60.44 
 
 
278 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00126384  normal  0.496007 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4129  rare lipoprotein A  66.67 
 
 
213 aa  113  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.905636 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2938  rare lipoprotein A  57.14 
 
 
265 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000804744  normal  0.0225241 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1133  rare lipoprotein A  58.24 
 
 
260 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0478677  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0492  rare lipoprotein A  66.67 
 
 
238 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1357  rare lipoprotein A  58.06 
 
 
199 aa  111  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.24818 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0220  rare lipoprotein A  55.91 
 
 
163 aa  111  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.602975  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2019  rare lipoprotein A  58.06 
 
 
165 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.202137  normal  0.287448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1109  putative lipoprotein  57.3 
 
 
342 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0852  rare lipoprotein A  56.04 
 
 
297 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569682  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12090  RlpA family lipoprotein  57.3 
 
 
341 aa  110  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.751179  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3488  rare lipoprotein A  56.67 
 
 
265 aa  110  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000216134 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1108  rare lipoprotein A  58.43 
 
 
360 aa  110  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1079  rare lipoprotein A  58.43 
 
 
360 aa  110  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1489  rare lipoprotein A  63.75 
 
 
122 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3711  rare lipoprotein A  55.56 
 
 
264 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000309694  hitchhiker  0.000358046 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0241  rare lipoprotein A  56.52 
 
 
381 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812141  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0252  rare lipoprotein A  54.84 
 
 
170 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1557  rare lipoprotein A  54.44 
 
 
321 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000368198  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3795  rare lipoprotein A  56.18 
 
 
337 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.443521  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4967  rare lipoprotein A  56.67 
 
 
335 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3432  rare lipoprotein A  59.78 
 
 
251 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113167  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0696  rare lipoprotein A  52.75 
 
 
270 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0823  rare lipoprotein A  57.3 
 
 
281 aa  107  5e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0647438  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0135  rare lipoprotein A  62.5 
 
 
122 aa  107  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5916  rare lipoprotein A  62.5 
 
 
303 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2034  rare lipoprotein A  56.67 
 
 
168 aa  106  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13997  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0720  rare lipoprotein A  65 
 
 
116 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0831  rare lipoprotein A  54.35 
 
 
198 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000124271  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0617  rare lipoprotein A  55.06 
 
 
332 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0426495  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2800  rare lipoprotein A  55.06 
 
 
342 aa  106  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.472757  normal  0.158248 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4804  rare lipoprotein A family  55.06 
 
 
333 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4822  lipoprotein, rlpA family  53.33 
 
 
342 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4857  rare lipoprotein A  55.06 
 
 
333 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292191  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4362  rare lipoprotein A  53.33 
 
 
342 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0440112  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0265  rare lipoprotein A  59.34 
 
 
286 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0973741  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3152  rare lipoprotein A  55.06 
 
 
260 aa  105  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5339  rare lipoprotein A  62.82 
 
 
324 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2020  rare lipoprotein A  54.84 
 
 
139 aa  104  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.451852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08420  Rare lipoprotein, RlpA family  54.44 
 
 
325 aa  104  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.108645  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2537  rare lipoprotein A  49.46 
 
 
243 aa  104  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.875468  normal  0.18015 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0301  rare lipoprotein A rlpa  56.04 
 
 
240 aa  104  5e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.665029  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2298  rare lipoprotein A  53.76 
 
 
238 aa  104  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5161  rare lipoprotein A  58.33 
 
 
391 aa  103  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2973  rare lipoprotein A  57.95 
 
 
134 aa  103  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0691329 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0638  rare lipoprotein A  53.85 
 
 
127 aa  103  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262012 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1190  rare lipoprotein a rlpa  55.56 
 
 
239 aa  103  7e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0928  lipoprotein A family protein  52.17 
 
 
206 aa  102  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0215  rare lipoprotein A  58.43 
 
 
171 aa  102  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1622  rare lipoprotein A  55.06 
 
 
157 aa  102  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.502299  normal  0.40448 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1475  rare lipoprotein A  62.5 
 
 
124 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2475  hypothetical protein  58.23 
 
 
153 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0114  rare lipoprotein A  57.61 
 
 
142 aa  103  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3341  putative lipoprotein  55.56 
 
 
230 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0362998  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1224  lipoproteins  54.84 
 
 
254 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1684  rare lipoprotein A  53.26 
 
 
150 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.981864  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1705  rare lipoprotein A  54.95 
 
 
367 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01654  rare lipoprotein A  53.85 
 
 
322 aa  102  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000527551  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4283  rare lipoprotein A  61.54 
 
 
367 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3338  sugar fermentation stimulation protein  53.85 
 
 
297 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000024991  normal  0.0181355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4679  rare lipoprotein A  52.81 
 
 
333 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362563  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0983  rare lipoprotein A  50.55 
 
 
269 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1486  rare lipoprotein A  52.17 
 
 
206 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.72104  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2593  rare lipoprotein A  52.17 
 
 
166 aa  102  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.891934  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4056  rare lipoprotein A  64.47 
 
 
108 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.926393  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1543  rare lipoprotein A  54.35 
 
 
217 aa  102  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0175  rare lipoprotein A  56.67 
 
 
324 aa  102  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365013  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2968  rare lipoprotein A  52.75 
 
 
258 aa  101  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2366  rare lipoprotein A  48.39 
 
 
163 aa  101  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3267  rare lipoprotein A  55.43 
 
 
247 aa  100  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2235  rare lipoprotein A  52.17 
 
 
249 aa  100  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0990  rare lipoprotein A family protein  56.18 
 
 
421 aa  100  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>