More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4191 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  610  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 295 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  64.66 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  64.66 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  56.23 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  56.23 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 292 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 305 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 311 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 289 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 289 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 289 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 289 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 287 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 293 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 295 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  32.49 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  29.27 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 287 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.62 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  113  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  28.19 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.67 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 303 aa  109  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  27.85 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>