More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4120 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3802  Outer membrane efflux protein  75.55 
 
 		 465 aa  655    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4120  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmyC  100 
 
 		 460 aa  916    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  49.09 
 
 		 420 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  47.57 
 
 		 451 aa  361  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4684  outer membrane efflux protein  49.15 
 
 		 448 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.307779 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3607  outer membrane efflux protein  49.15 
 
 		 448 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  38.9 
 
 		 433 aa  257  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  39.84 
 
 		 485 aa  245  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0150  Outer membrane efflux protein  37.08 
 
 		 415 aa  239  8e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.921658  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1111  Outer membrane efflux protein  36.28 
 
 		 492 aa  229  6e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.33067  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  29.44 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  28.21 
 
 		 440 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  29.18 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  29.18 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  28.65 
 
 		 435 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  27.52 
 
 		 458 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  27.69 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  26.26 
 
 		 418 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  26.68 
 
 		 438 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  27.56 
 
 		 415 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  26.26 
 
 		 418 aa  100  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  27.66 
 
 		 423 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  27.66 
 
 		 423 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  27.66 
 
 		 423 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  27.66 
 
 		 394 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  26.53 
 
 		 431 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  27.76 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 443 aa  97.8  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 443 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  26.33 
 
 		 443 aa  97.8  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  27.76 
 
 		 452 aa  97.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  25.13 
 
 		 437 aa  93.2  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  26.04 
 
 		 425 aa  92  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  26.14 
 
 		 428 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  25.31 
 
 		 479 aa  89.7  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  25.99 
 
 		 426 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  26.57 
 
 		 428 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  27.79 
 
 		 408 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  26.04 
 
 		 451 aa  88.2  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  24.61 
 
 		 443 aa  86.7  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  26.58 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  24.91 
 
 		 472 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  23.75 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0773  outer membrane efflux protein  22.19 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00492916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  27.62 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2254  Outer membrane efflux protein  26.9 
 
 		 436 aa  82.8  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3077  outer membrane efflux protein  23.54 
 
 		 426 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.767775  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3501  Outer membrane efflux protein  25.53 
 
 		 489 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  24.16 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  23.53 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  28.5 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  27.13 
 
 		 436 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  26.4 
 
 		 442 aa  78.2  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  24.69 
 
 		 431 aa  77  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4441  outer membrane efflux protein  27.04 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7201  outer membrane efflux protein  26.12 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2435  outer membrane efflux protein  23.02 
 
 		 438 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.23 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3836  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmvC  25.46 
 
 		 445 aa  70.9  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  25.87 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2263  Outer membrane efflux protein  24.75 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  24.21 
 
 		 471 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2185  outer membrane efflux protein  25.07 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.685797  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.46 
 
 		 457 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0413  outer membrane efflux protein  26.4 
 
 		 423 aa  69.7  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  28.16 
 
 		 437 aa  68.6  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0447  outer membrane efflux protein  27.14 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.109934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0017  outer membrane efflux protein  26.17 
 
 		 473 aa  68.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  28.01 
 
 		 435 aa  68.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2967  outer membrane efflux protein  25.97 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  26.43 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  24.45 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1302  outer membrane efflux protein  25.99 
 
 		 505 aa  67  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  27.18 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  26.33 
 
 		 464 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  24.67 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  24.15 
 
 		 470 aa  64.7  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3648  outer membrane efflux protein  19.52 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.04 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1549  Outer membrane efflux protein  21.69 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.069846  normal  0.874867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  26.29 
 
 		 481 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  27.54 
 
 		 420 aa  63.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  24.69 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.92 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2705  outer membrane efflux protein  23.08 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0425807  normal  0.885603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  25.8 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  30.63 
 
 		 441 aa  62  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2097  Outer membrane efflux protein  25.65 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.771655  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  23.76 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1481  outer membrane efflux protein  22.88 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.103233  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  24.58 
 
 		 523 aa  61.6  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.06 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0648  outer membrane efflux protein  25.67 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  24.38 
 
 		 493 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.69 
 
 		 491 aa  60.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  25.25 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>