82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4087 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  54.44 
 
 		 201 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  55.98 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  47.49 
 
 		 196 aa  149  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  48.62 
 
 		 197 aa  147  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  41.01 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  37.84 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  38.2 
 
 		 203 aa  110  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  32.62 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  33.33 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  36.67 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  33.72 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  38.38 
 
 		 233 aa  97.1  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  33.85 
 
 		 212 aa  97.1  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  36.17 
 
 		 253 aa  94.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  33.71 
 
 		 240 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  35.58 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  35.54 
 
 		 238 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  35.54 
 
 		 239 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  35.54 
 
 		 238 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  35.88 
 
 		 240 aa  92.4  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0041  putative lipoprotein  39.89 
 
 		 206 aa  90.5  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240026  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  34.08 
 
 		 195 aa  85.5  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  36.6 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  32.2 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  32.75 
 
 		 248 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  33.54 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  29.47 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  28.25 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  27.07 
 
 		 207 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  29.55 
 
 		 205 aa  72  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  29.7 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  28.11 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  31.43 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  27.84 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3508  resolvase, RNase H-like fold  27.22 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  26.82 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  30.36 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 252 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 256 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 256 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  30.36 
 
 		 256 aa  67  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  30.23 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 252 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  30.29 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  30.36 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  25.97 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  25.13 
 
 		 211 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  33.67 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  32.39 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  28.11 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  27.98 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1231  protein of unknown function DUF330  33.33 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  29.26 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5692  hypothetical protein  28.87 
 
 		 236 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1684  protein of unknown function DUF330  27.62 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  29.26 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65590  hypothetical protein  26.95 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4622  hypothetical protein  33.04 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  26.82 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  27.37 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2723  hypothetical protein  28.67 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1959  hypothetical protein  20.45 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000996139  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3377  hypothetical protein  31.16 
 
 		 201 aa  51.6  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.237475  normal  0.194903 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  28.91 
 
 		 231 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5258  hypothetical protein  31.69 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960126  normal  0.0530177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  29.46 
 
 		 237 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43450  hypothetical protein  29.46 
 
 		 242 aa  48.1  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  26.32 
 
 		 183 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0231  hypothetical protein  20.67 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  27.34 
 
 		 232 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1714  hypothetical protein  25.69 
 
 		 232 aa  46.6  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167749 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1703  hypothetical protein  26.85 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0230  hypothetical protein  26.25 
 
 		 241 aa  45.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3078  putative lipoprotein  23.16 
 
 		 186 aa  45.1  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.378307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4703  hypothetical protein  27.35 
 
 		 236 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  26.63 
 
 		 178 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4911  hypothetical protein  27.35 
 
 		 251 aa  44.7  0.0009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  28.33 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4787  hypothetical protein  27.35 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1353  putative lipoprotein  22.73 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000161061  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  24.47 
 
 		 215 aa  42.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>