More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3992 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  77.5 
 
 		 679 aa  1024    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  100 
 
 		 687 aa  1389    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3332  1A family penicillin-binding protein  50.8 
 
 		 714 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.741858  hitchhiker  0.0086967 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1832  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.421648  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1773  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0832  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313161  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0432  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0339  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1123  1A family penicillin-binding protein  49.13 
 
 		 713 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438177  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5322  1A family penicillin-binding protein  48.8 
 
 		 714 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4779  1A family penicillin-binding protein  48.96 
 
 		 705 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.819685 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  49.36 
 
 		 709 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  49.36 
 
 		 709 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2145  1A family penicillin-binding protein  47.87 
 
 		 710 aa  537  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  49.36 
 
 		 709 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0214  penicillin-binding protein 1A  48.25 
 
 		 707 aa  528  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  39.37 
 
 		 646 aa  403  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  36.95 
 
 		 806 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  39.83 
 
 		 751 aa  371  1e-101  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  37.66 
 
 		 640 aa  369  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  36.8 
 
 		 643 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  36.8 
 
 		 643 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  37.95 
 
 		 640 aa  363  6e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2430  1A family penicillin-binding protein  36.26 
 
 		 667 aa  361  3e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000145418  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  39.08 
 
 		 712 aa  355  2e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1662  penicillin-binding protein, 1A family  36.03 
 
 		 641 aa  353  4e-96  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0230807  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0983  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a) (penicillin-bindingprotein A)  34.83 
 
 		 638 aa  353  4e-96  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1268  1A family penicillin-binding protein  56.96 
 
 		 786 aa  353  7e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00608444  normal  0.905221 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.44 
 
 		 618 aa  352  1e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  56.83 
 
 		 796 aa  352  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1961  putative penicillin-binding (peptidoglycan synthetase) transmembrane protein, mrcA  55.73 
 
 		 836 aa  352  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.935067  normal  0.0226413 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2296  penicillin-binding protein, 1A family  56.63 
 
 		 833 aa  352  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0306  1A family penicillin-binding protein  55.7 
 
 		 797 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  38.08 
 
 		 765 aa  350  4e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  36.14 
 
 		 642 aa  350  4e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  55.41 
 
 		 792 aa  350  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5259  penicillin-binding protein 1A  55.59 
 
 		 838 aa  349  9e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000072806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0315  1A family penicillin-binding protein  55.38 
 
 		 795 aa  349  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.640379 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0366  1A family penicillin-binding protein  55.38 
 
 		 797 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.941804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  55.38 
 
 		 797 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  55.87 
 
 		 799 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1948  1A family penicillin-binding protein  54.74 
 
 		 839 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135129  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6131  penicillin-binding protein 1A  54.74 
 
 		 839 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.353845  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1321  1A family penicillin-binding protein  55.73 
 
 		 837 aa  348  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000393559 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  55.87 
 
 		 799 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1972  1A family penicillin-binding protein  54.27 
 
 		 839 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125323  normal  0.0456782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  56.31 
 
 		 797 aa  347  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3486  penicillin-binding protein 1A  55.38 
 
 		 796 aa  347  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2720  penicillin-binding protein 1A  55.06 
 
 		 797 aa  346  7e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  37.41 
 
 		 776 aa  346  8e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  37.4 
 
 		 728 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  37.04 
 
 		 770 aa  346  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2011  penicillin-binding protein, 1A family  34.35 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1935  1A family penicillin-binding protein  53.82 
 
 		 839 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000247834  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1862  1A family penicillin-binding protein  53.82 
 
 		 839 aa  345  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000145704  hitchhiker  0.0000925337 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0683  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  34.25 
 
 		 642 aa  345  2e-93  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  35.52 
 
 		 654 aa  345  2e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2100  1A family penicillin-binding protein  35.26 
 
 		 661 aa  344  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  56.07 
 
 		 777 aa  344  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  56.07 
 
 		 777 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2820  penicillin-binding protein, 1A family  37.64 
 
 		 727 aa  344  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.727063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  38.07 
 
 		 732 aa  343  8e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1996  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  1e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704723  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3314  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  1e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.019725  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3136  penicillin-binding protein 1A  54.46 
 
 		 791 aa  342  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1268  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  1e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1497  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 846 aa  342  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.178558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2411  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2518  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.316382  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  36.26 
 
 		 643 aa  342  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2082  1A family penicillin-binding protein  53.96 
 
 		 840 aa  342  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264276  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  37.84 
 
 		 714 aa  341  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2976  penicillin-binding 1 transmembrane protein  57.33 
 
 		 801 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.893289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2369  1A family penicillin-binding protein  54.6 
 
 		 852 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  37.32 
 
 		 656 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1892  penicillin-binding protein 1A  35.82 
 
 		 655 aa  340  5.9999999999999996e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477214  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1671  penicillin-binding protein 1A  36.96 
 
 		 693 aa  339  9e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000343648  normal  0.536303 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  37.58 
 
 		 730 aa  339  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2389  penicillin-binding protein, 1A family  36.7 
 
 		 727 aa  339  9.999999999999999e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.390791  normal  0.221681 
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  37.58 
 
 		 763 aa  338  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  36.38 
 
 		 734 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1032  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  33.96 
 
 		 645 aa  338  1.9999999999999998e-91  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00344643  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0597  penicillin-binding protein, 1A family  32.9 
 
 		 665 aa  338  2.9999999999999997e-91  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1561  1A family penicillin-binding protein  36.44 
 
 		 662 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  37.03 
 
 		 728 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  38.06 
 
 		 775 aa  337  5.999999999999999e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  35.56 
 
 		 649 aa  336  7.999999999999999e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  35.33 
 
 		 714 aa  335  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  36.25 
 
 		 701 aa  335  1e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1180  1A family penicillin-binding protein  34.27 
 
 		 679 aa  335  2e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000474619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1710  penicillin-binding protein 1A  37.27 
 
 		 905 aa  335  2e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000352248  normal  0.214747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  36.61 
 
 		 727 aa  335  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  36.44 
 
 		 727 aa  335  2e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  35.34 
 
 		 744 aa  332  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0343  penicillin-binding protein, 1A family  33.38 
 
 		 774 aa  331  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.314658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  50.31 
 
 		 805 aa  332  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  36.45 
 
 		 734 aa  332  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  53.29 
 
 		 777 aa  331  3e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  36.58 
 
 		 712 aa  331  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  37.03 
 
 		 720 aa  330  5.0000000000000004e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>