241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3957 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3957  cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 
222 aa  437  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3634  cytochrome c oxidase subunit III  68.57 
 
 
215 aa  278  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.040361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0728  cytochrome c oxidase subunit III  61.45 
 
 
202 aa  205  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5128  cytochrome oxidase subunit III oxidase polypeptide I  57.59 
 
 
209 aa  201  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0252  cytochrome c oxidase subunit III  50.53 
 
 
222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00632373 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2343  cytochrome c oxidase subunit III  46.99 
 
 
202 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4874  cytochrome c oxidase subunit III  46.45 
 
 
202 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108668 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3797  cytochrome c oxidase subunit III  46.45 
 
 
202 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2427  cytochrome c oxidase subunit III  45.83 
 
 
232 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.278961  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6211  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  50.27 
 
 
203 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5938  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like protein  49.73 
 
 
203 aa  123  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2476  cytochrome c oxidase, subunit III  42.46 
 
 
235 aa  121  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.314801  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7360  Heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase subunit 3-like  47.87 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.610074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2266  cytochrome c oxidase subunit III  41.67 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216047  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1566  cytochrome-C oxidase oxidoreductase protein  45.3 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3896  cytochrome c oxidase  38.97 
 
 
267 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2592  cytochrome c oxidase subunit III  42.16 
 
 
237 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.329702  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2360  cytochrome c oxidase subunit III  40.45 
 
 
233 aa  101  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3467  cytochrome c oxidase subunit III  30.95 
 
 
195 aa  98.6  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0634849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0439  cytochrome c oxidase subunit III  31.73 
 
 
229 aa  87.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0988011 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2203  cytochrome c oxidase, subunit III  30 
 
 
180 aa  85.1  8e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000157592  normal  0.966564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5674  cytochrome c oxidase subunit III  29.94 
 
 
196 aa  80.9  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.842654 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0520  cytochrome c oxidase subunit III  30.81 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0779441  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4943  cytochrome c oxidase, subunit III  27.84 
 
 
202 aa  71.6  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4112  cytochrome c oxidase, subunit III  28.49 
 
 
203 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.771178  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3134  cytochrome c oxidase, subunit III  28.14 
 
 
215 aa  62  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2860  cytochrome c oxidase subunit III  34 
 
 
208 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3340  Cytochrome-c oxidase  30.28 
 
 
208 aa  61.2  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3527  cytochrome c oxidase subunit III  33.33 
 
 
199 aa  61.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1809  cytochrome c oxidase subunit III  31.75 
 
 
212 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0786  cytochrome c oxidase subunit I  30.68 
 
 
832 aa  59.7  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0454101  normal  0.689784 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2075  Cytochrome-c oxidase  38.3 
 
 
215 aa  59.7  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3295  cytochrome c oxidase, subunit III  32.56 
 
 
199 aa  59.7  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.496142  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1327  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  27.68 
 
 
210 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1143  cytochrome c oxidase, subunit III  27.68 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.537108  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0431  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  25.89 
 
 
215 aa  58.2  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2692  Cytochrome-c oxidase  30.16 
 
 
181 aa  58.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.48074  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15710  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  35.16 
 
 
213 aa  58.2  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.674032  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4387  Cytochrome-c oxidase  30.99 
 
 
293 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10670  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  29.77 
 
 
209 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.364587  normal  0.27284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2677  Cytochrome-c oxidase  30.08 
 
 
205 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14190  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  26.55 
 
 
244 aa  57  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.124552  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0091  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  27.59 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4071  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.47 
 
 
209 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.953748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47180  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.47 
 
 
209 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.121208  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5946  cytochrome c oxidase subunit III  26.92 
 
 
211 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3063  Cytochrome-c oxidase  30.77 
 
 
217 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458737  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0480  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.67 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0470237  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0488  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.67 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128023  hitchhiker  0.00584206 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0543  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.67 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.118907  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0482  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.67 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.114141  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0499  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  26.67 
 
 
204 aa  55.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.51952  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1677  cytochrome c oxidase subunit III  30.89 
 
 
206 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.881512  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1292  cytochrome c oxidase, subunit III  28.57 
 
 
214 aa  55.1  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12221  cytochrome C oxidase subunit III ctaE  30.23 
 
 
203 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2008  cytochrome c oxidase subunit III  28.12 
 
 
218 aa  55.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.481722  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12120  heme/copper-type cytochrome/quinol oxidase, subunit 3  37.78 
 
 
212 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0237313  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4437  cytochrome c oxidase, subunit III  27.86 
 
 
209 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.424494  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1296  cytochrome-c oxidase  28.68 
 
 
205 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2342  cytochrome c oxidase subunit III  32.84 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4352  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  27.47 
 
 
206 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3825  cytochrome c oxidase, subunit III  27.47 
 
 
206 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0572174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2209  cytochrome c oxidase, subunit III  37.78 
 
 
212 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00141599  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4220  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  27.62 
 
 
206 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4033  cytochrome c oxidase, subunit III  27.47 
 
 
206 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4120  Cytochrome-c oxidase  26.09 
 
 
200 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.929846  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3055  Cytochrome-c oxidase  30.07 
 
 
205 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.407956  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2265  cytochrome c oxidase, subunit III  26.44 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4148  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  27.47 
 
 
206 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0231  cytochrome c oxidase subunit III  26.88 
 
 
226 aa  53.1  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38618  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3291  cytochrome c oxidase, subunit III  31.75 
 
 
180 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482439  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3353  cytochrome c oxidase, subunit III  31.75 
 
 
203 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.0560155 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1446  cytochrome c oxidase subunit III  29.37 
 
 
213 aa  53.5  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.190204  normal  0.245723 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3302  cytochrome c oxidase, subunit III  31.75 
 
 
203 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.639722  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3860  cytochrome c oxidase, subunit III  27.62 
 
 
206 aa  53.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.516047  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0352  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52.8  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0368  cytochrome c oxidase, subunit III  28.33 
 
 
208 aa  52.8  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2864  cytochrome c oxidase subunit III  31.09 
 
 
205 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0115873 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3556  cytochrome c oxidase subunit III  25 
 
 
203 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1946  cytochrome c oxidase subunit III  29.05 
 
 
224 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125492 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0819  cytochrome c oxidase, subunit III  27.37 
 
 
203 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03910  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III (Ubiquinol oxidase chain C)  27.75 
 
 
205 aa  52.4  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0440  cytochrome c oxidase subunit III  27.75 
 
 
208 aa  52  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3916  cytochrome c oxidase, subunit III  27.62 
 
 
206 aa  52  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00381  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00313759  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3179  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000613684  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00385  hypothetical protein  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00541093  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0505  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00786861  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0465  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0181495  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3203  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.350739  hitchhiker  0.0000785376 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0514  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.56 
 
 
204 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128074  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0470  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit III  25.14 
 
 
204 aa  52  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0234669  normal  0.574469 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1246  cytochrome/quinol oxidase subunit 3  27.32 
 
 
214 aa  51.6  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2349  putative cytochrome c oxidase subunit III protein  27.54 
 
 
213 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4852  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit III  22.51 
 
 
215 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0958681  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3135  Cytochrome-c oxidase  28.83 
 
 
208 aa  51.6  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2320  cytochrome c oxidase subunit III family protein  24.8 
 
 
174 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0210247  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1022  cytochrome c oxidase subunit III  29.46 
 
 
194 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.113935  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3541  cytochrome c oxidase, subunit I  36.67 
 
 
743 aa  51.2  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0407  cytochrome c oxidase, subunit III  24.86 
 
 
196 aa  51.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>