More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3895 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3509  GntR family transcriptional regulator  77.42 
 
 		 276 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5518  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0560672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2038  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 247 aa  123  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1119  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 257 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4635  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 233 aa  85.5  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.91 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1691  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0269955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  30.46 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  30.46 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  30.46 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.99 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0075  histidine utilization repressor  30.46 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  26.22 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 261 aa  72  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 249 aa  72  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  30.99 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  28.64 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  40.48 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.4 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.4 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.06 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  24.14 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 278 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 278 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  24.14 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2239  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  24.78 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  23.71 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  47.69 
 
 		 236 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  43.06 
 
 		 245 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  27.49 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  28.17 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0191  transcriptional regulator  23 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.168496 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  26.61 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  24.57 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4840  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  29.39 
 
 		 267 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.180839 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  24.57 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  24.57 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  24.57 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  24.57 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  28 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0724  transcriptional regulator, GntR family  22.87 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  22.57 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  41.67 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0086  GntR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 126 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0342  GntR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0407848  hitchhiker  0.000377769 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1606  histidine utilization repressor  29.37 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.971553  normal  0.693248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  21.05 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>