121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3885 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  100 
 
 
245 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  92.62 
 
 
245 aa  434  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  84.43 
 
 
245 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  84.43 
 
 
245 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  71.06 
 
 
248 aa  344  9e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4993  Asp/Glu/hydantoin racemase  65.57 
 
 
250 aa  332  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  69.39 
 
 
248 aa  330  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  70.49 
 
 
251 aa  325  4e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  63.98 
 
 
254 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  54.3 
 
 
279 aa  247  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  48.16 
 
 
249 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  48.33 
 
 
256 aa  221  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  48.96 
 
 
250 aa  189  3e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1251  Asp/Glu/hydantoin racemase  42.62 
 
 
250 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  35.44 
 
 
247 aa  134  2e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.88 
 
 
242 aa  132  7e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.82 
 
 
245 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1755  Asp/Glu racemase  34.4 
 
 
242 aa  129  5e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.47 
 
 
242 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  33.6 
 
 
242 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  33.6 
 
 
242 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  35.56 
 
 
261 aa  126  4e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  37.34 
 
 
242 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.87 
 
 
245 aa  122  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  36.25 
 
 
240 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  36.25 
 
 
240 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.25 
 
 
240 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3193  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.76 
 
 
252 aa  121  1e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.24 
 
 
247 aa  119  5e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.51 
 
 
247 aa  119  5e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  32.77 
 
 
247 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  34.04 
 
 
234 aa  118  9e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.19 
 
 
244 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.65 
 
 
245 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.62 
 
 
245 aa  115  9e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.35 
 
 
244 aa  114  1e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  32.38 
 
 
243 aa  114  2e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.84 
 
 
285 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  33.06 
 
 
243 aa  112  4e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  32.17 
 
 
232 aa  111  1e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.06 
 
 
253 aa  110  2e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  33.04 
 
 
318 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  33.04 
 
 
327 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  33.04 
 
 
280 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  32.66 
 
 
243 aa  110  2e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  33.05 
 
 
280 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  33.05 
 
 
280 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  33.05 
 
 
280 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  31.62 
 
 
247 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3171  Asp/Glu racemase  31.65 
 
 
240 aa  109  4e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.560944  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  32.33 
 
 
287 aa  107  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.33 
 
 
278 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5846  Asp/Glu/hydantoin racemase  37.32 
 
 
249 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  hitchhiker  0.000744144 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  28.39 
 
 
243 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.5 
 
 
247 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  31.76 
 
 
236 aa  105  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.05 
 
 
263 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.05 
 
 
278 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  33.05 
 
 
263 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  33.05 
 
 
263 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  29.24 
 
 
238 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.22 
 
 
240 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  31.36 
 
 
243 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  30.29 
 
 
288 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  32.63 
 
 
279 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  32.63 
 
 
263 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  30 
 
 
288 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  32.23 
 
 
258 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  36.1 
 
 
258 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5283  Asp/Glu/hydantoin racemase  39.7 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.203611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3382  hydantoin racemase  31.84 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  32.07 
 
 
239 aa  96.3  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5137  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.71 
 
 
239 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  34.15 
 
 
229 aa  95.1  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  29.41 
 
 
243 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5914  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.48 
 
 
241 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174556  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0955  hydantoin racemase  33.65 
 
 
231 aa  93.6  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  28.22 
 
 
243 aa  92  8e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0971  Asp/Glu racemase  31.96 
 
 
246 aa  88.6  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0912948  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  36.48 
 
 
250 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3409  hypothetical protein  32.72 
 
 
219 aa  80.5  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  27.8 
 
 
241 aa  80.5  3e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2261  racemase, putative  29.22 
 
 
238 aa  77.8  1e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113318  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  31.42 
 
 
220 aa  77  2e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  31.42 
 
 
220 aa  77  2e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  31.42 
 
 
220 aa  77  2e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1409  Asp/Glu racemase  29.86 
 
 
228 aa  75.1  1e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0168107  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3417  Asp/Glu racemase  32.5 
 
 
252 aa  73.6  2e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4294  Asp/Glu racemase  31.21 
 
 
252 aa  73.9  2e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1556  Asp/Glu racemase  33.09 
 
 
267 aa  73.9  2e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3273  Asp/Glu racemase  32.06 
 
 
251 aa  73.6  3e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.325881  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1006  Asp/Glu racemase  32.68 
 
 
246 aa  73.2  3e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719563  hitchhiker  0.00113636 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1238  putative racemase  30.58 
 
 
236 aa  72.8  5e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.205483  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3252  hypothetical protein  31.41 
 
 
276 aa  71.6  1e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.280544  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3190  hypothetical protein  29.91 
 
 
216 aa  71.2  1e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.88 
 
 
247 aa  70.9  2e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.32 
 
 
245 aa  69.3  5e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.491688 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1759  hydantoin racemase  32.42 
 
 
205 aa  67  2e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5144  Asp/Glu racemase  31.43 
 
 
223 aa  66.6  3e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238464  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0677  putative hydantoin racemase protein  28.71 
 
 
253 aa  65.1  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0966453  normal  0.11063 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>