More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3724 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  100 
 
 		 536 aa  1091    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  34.06 
 
 		 525 aa  258  1e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  34.13 
 
 		 538 aa  236  8e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  31.18 
 
 		 530 aa  232  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  32.01 
 
 		 529 aa  219  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.71 
 
 		 516 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.52 
 
 		 516 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  30.97 
 
 		 520 aa  213  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.52 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.45 
 
 		 533 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.64 
 
 		 533 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.52 
 
 		 516 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.32 
 
 		 516 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  28.82 
 
 		 528 aa  211  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.71 
 
 		 528 aa  210  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  35.24 
 
 		 537 aa  210  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.71 
 
 		 528 aa  210  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.28 
 
 		 528 aa  209  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.14 
 
 		 516 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  31.71 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  31.71 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  31.71 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.06 
 
 		 533 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  31.71 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  30.06 
 
 		 516 aa  208  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  30.06 
 
 		 516 aa  208  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.06 
 
 		 533 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.06 
 
 		 518 aa  207  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.64 
 
 		 516 aa  207  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.87 
 
 		 516 aa  206  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.87 
 
 		 518 aa  206  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.97 
 
 		 528 aa  205  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  31.88 
 
 		 530 aa  204  3e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  29.68 
 
 		 516 aa  203  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.58 
 
 		 498 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  32.14 
 
 		 522 aa  201  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  43.24 
 
 		 374 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  30.47 
 
 		 530 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  33.19 
 
 		 542 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  30.4 
 
 		 523 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  38.98 
 
 		 538 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  30.04 
 
 		 538 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  32.24 
 
 		 535 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  32.24 
 
 		 532 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3335  EAL domain protein  30.8 
 
 		 540 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  32.02 
 
 		 535 aa  183  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  36.55 
 
 		 516 aa  183  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  36.09 
 
 		 406 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.21 
 
 		 516 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.76 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.21 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.86 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 		 506 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 		 506 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 		 506 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  38.03 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  38.85 
 
 		 526 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  39.37 
 
 		 519 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  39.27 
 
 		 514 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  32.3 
 
 		 511 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  36.81 
 
 		 521 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  28.74 
 
 		 506 aa  172  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  39.52 
 
 		 538 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  38.37 
 
 		 523 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  37.59 
 
 		 515 aa  169  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  39.93 
 
 		 544 aa  169  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  32.51 
 
 		 794 aa  166  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.63 
 
 		 534 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  29.64 
 
 		 529 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  29.96 
 
 		 535 aa  163  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  35.27 
 
 		 489 aa  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  33.11 
 
 		 490 aa  163  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 586 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 		 646 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.11 
 
 		 646 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  29 
 
 		 500 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.65 
 
 		 686 aa  160  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.584418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.72 
 
 		 646 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  36.47 
 
 		 522 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 1036 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  36.54 
 
 		 528 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.72 
 
 		 646 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1697  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 762 aa  159  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.140109  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  32.13 
 
 		 497 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.04 
 
 		 1034 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  36.15 
 
 		 528 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  32.13 
 
 		 518 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  35.38 
 
 		 528 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  35.55 
 
 		 528 aa  157  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39 
 
 		 772 aa  157  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.24 
 
 		 513 aa  157  6e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.84 
 
 		 887 aa  157  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03626  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  33.98 
 
 		 706 aa  156  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 		 629 aa  156  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>