199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3664 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  55.23 
 
 		 1020 aa  845    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  100 
 
 		 1017 aa  1957    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  35.79 
 
 		 1018 aa  492  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  36.76 
 
 		 1018 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  34.93 
 
 		 1018 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  35.04 
 
 		 1018 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  32.27 
 
 		 1018 aa  443  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  35.69 
 
 		 1018 aa  443  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  32.85 
 
 		 1018 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  32.95 
 
 		 1018 aa  442  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  33.97 
 
 		 1018 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  35.07 
 
 		 1018 aa  436  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  34.67 
 
 		 1018 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  34.98 
 
 		 1018 aa  433  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  34.48 
 
 		 1018 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  34.57 
 
 		 1018 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  29.28 
 
 		 1049 aa  374  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  28.53 
 
 		 1029 aa  342  2.9999999999999998e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  27.24 
 
 		 1029 aa  339  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  26.85 
 
 		 1029 aa  336  1e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  27.6 
 
 		 1029 aa  335  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  26.83 
 
 		 1029 aa  328  3e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  26.83 
 
 		 1029 aa  328  3e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  26.97 
 
 		 1029 aa  327  7e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  27.06 
 
 		 1029 aa  327  1e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  27.25 
 
 		 1029 aa  326  1e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  26.97 
 
 		 1029 aa  325  3e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  27.54 
 
 		 1029 aa  321  3.9999999999999996e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  27.24 
 
 		 1038 aa  305  3.0000000000000004e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  42.44 
 
 		 1020 aa  304  7.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  31.9 
 
 		 1024 aa  273  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  35.92 
 
 		 1020 aa  245  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  34.29 
 
 		 1013 aa  242  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  44.48 
 
 		 1018 aa  206  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  27.29 
 
 		 1030 aa  199  2.0000000000000003e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  36.51 
 
 		 1039 aa  196  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  47.18 
 
 		 953 aa  182  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  41.01 
 
 		 881 aa  178  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  41.79 
 
 		 1025 aa  177  8e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  51.5 
 
 		 1006 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  48.33 
 
 		 1081 aa  169  2.9999999999999998e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  46.95 
 
 		 1009 aa  162  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  46.95 
 
 		 1009 aa  162  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  41.97 
 
 		 1023 aa  162  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  41.18 
 
 		 1291 aa  160  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  46.51 
 
 		 1009 aa  159  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  53.19 
 
 		 986 aa  156  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  42.78 
 
 		 962 aa  151  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  41.75 
 
 		 1249 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  42.18 
 
 		 986 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  46.63 
 
 		 1046 aa  146  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  39.77 
 
 		 1047 aa  144  7e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  38.4 
 
 		 995 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  45.6 
 
 		 1191 aa  141  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  54.44 
 
 		 989 aa  140  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  53.09 
 
 		 995 aa  137  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  44.06 
 
 		 1058 aa  136  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  41.36 
 
 		 1046 aa  135  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  45.18 
 
 		 1011 aa  134  9e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  41.94 
 
 		 1022 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  44.24 
 
 		 1033 aa  129  3e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  50.62 
 
 		 1009 aa  127  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  31.39 
 
 		 1088 aa  125  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  31.44 
 
 		 1091 aa  123  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  26.4 
 
 		 1085 aa  122  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  44.2 
 
 		 1101 aa  122  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  33.01 
 
 		 1224 aa  120  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  32.45 
 
 		 1091 aa  116  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  44.22 
 
 		 1346 aa  115  6e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  31.88 
 
 		 1230 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  32.14 
 
 		 1223 aa  112  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  30.35 
 
 		 1303 aa  112  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  35.75 
 
 		 1219 aa  110  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  29.21 
 
 		 906 aa  110  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  51.35 
 
 		 1307 aa  110  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  30.39 
 
 		 1226 aa  110  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  40.54 
 
 		 1214 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  39.56 
 
 		 1211 aa  108  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  41.57 
 
 		 1211 aa  108  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  42.69 
 
 		 1214 aa  107  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  41.52 
 
 		 1213 aa  107  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  30.99 
 
 		 1172 aa  108  8e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  42.69 
 
 		 1214 aa  107  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0207  exonuclease SbcC  30.99 
 
 		 1172 aa  107  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  42.11 
 
 		 1214 aa  107  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  42.11 
 
 		 1214 aa  107  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  44.38 
 
 		 910 aa  106  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  42.11 
 
 		 1214 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6131  SMC domain protein  34.21 
 
 		 851 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.983245 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  40.11 
 
 		 1223 aa  105  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  36.36 
 
 		 1059 aa  105  4e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1551  SMC domain-containing protein  37.5 
 
 		 824 aa  104  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.875451  normal  0.721096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1915  SMC domain protein  37.69 
 
 		 815 aa  104  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00125008  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  30.34 
 
 		 1108 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1882  SMC domain protein  29.47 
 
 		 904 aa  102  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.600097  normal  0.549876 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  45.7 
 
 		 1164 aa  102  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  29.48 
 
 		 1234 aa  101  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0760  SMC domain protein  31.98 
 
 		 1165 aa  101  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000289262  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  37.78 
 
 		 1182 aa  100  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  33.83 
 
 		 810 aa  98.6  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>