More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3654 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3654  pilus assembly protein  100 
 
 
473 aa  936    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5409  type II and III secretion system protein  74.23 
 
 
469 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.28985  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4248  type II and III secretion system protein  58.74 
 
 
454 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.218711 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4358  type II and III secretion system protein  58.74 
 
 
454 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.970058 
 
 
-
 
NC_003296  RS02594  outer membrane channel signal peptide protein  59.95 
 
 
454 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2798  putative outer membrane channel signal peptide protein, CpaC like  53.38 
 
 
454 aa  411  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.395631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1653  type II and III secretion system protein  53.02 
 
 
468 aa  405  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.745375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1497  type II and III secretion system protein  52.51 
 
 
443 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0318341  hitchhiker  0.0000037114 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1521  type II and III secretion system protein  52.51 
 
 
443 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00384422  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4661  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  51.82 
 
 
443 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000794738  hitchhiker  0.00340482 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1041  type II and III secretion system protein  52.51 
 
 
443 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00604679  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1778  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
441 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1941  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
441 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0187984  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1768  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
441 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.477043  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2542  type II/III secretion system protein  53.04 
 
 
441 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0117  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
441 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.821295  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1048  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
432 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.827787  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1290  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
432 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1789  type II/III secretion system protein  52.57 
 
 
432 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1403  type II and III secretion system protein  50.35 
 
 
444 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1443  type II and III secretion system protein  48.51 
 
 
461 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.549017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1732  type II and III secretion system protein  48.85 
 
 
443 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793195  hitchhiker  0.00000430206 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4445  type II and III secretion system protein  44.4 
 
 
457 aa  347  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2321  type II and III secretion system protein  49.76 
 
 
452 aa  323  5e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.278369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2072  type II and III secretion system protein  41.6 
 
 
492 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00565214  normal  0.624153 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2704  type II/III secretion system protein  41.44 
 
 
478 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2326  type II and III secretion system protein  41.44 
 
 
478 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.434108  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1642  type II and III secretion system protein  38.67 
 
 
453 aa  249  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00375821  normal  0.501633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0648  type II and III secretion system protein  38.55 
 
 
422 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55920  putative type II secretion system protein  40.1 
 
 
416 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0275442  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4871  putative type II secretion system protein  39.85 
 
 
408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0665602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4851  bacterial type II/III secretion system protein  39.05 
 
 
419 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0070  type II and III secretion system protein  38.01 
 
 
461 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.838423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4391  type II and III secretion system protein  38.52 
 
 
416 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260079  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1658  type II and III secretion system protein  38.07 
 
 
483 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2162  type II and III secretion system protein  36.98 
 
 
428 aa  226  6e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.080237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0848  type II and III secretion system protein  37.62 
 
 
419 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1112  type II and III secretion system protein  37.5 
 
 
484 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.48513  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  33.84 
 
 
490 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1493  type II and III secretion system protein  34.26 
 
 
482 aa  216  7e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2741  type II and III secretion system protein  36.43 
 
 
493 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3514  type II and III secretion system protein  42.39 
 
 
431 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.91039  normal  0.283922 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2360  type II/III secretion system protein  37.24 
 
 
482 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1167  type II and III secretion system protein  35.02 
 
 
455 aa  210  4e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0398766  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  33.63 
 
 
477 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  36.89 
 
 
526 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2915  type II and III secretion system protein  33.57 
 
 
484 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2827  type II and III secretion system protein  32.93 
 
 
487 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.863407  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  35.28 
 
 
460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  35.48 
 
 
460 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  34.95 
 
 
460 aa  193  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1519  putative pilus assembly protein cpaC  34.63 
 
 
496 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.527914  normal  0.565497 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0655  outer membrane channel protein  32.05 
 
 
634 aa  190  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.885837  normal  0.521037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0548  type II and III secretion system protein  35.37 
 
 
603 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  33.07 
 
 
492 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  34.13 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  34.13 
 
 
482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  34.13 
 
 
482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0647  type II and III secretion system protein  33.57 
 
 
620 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377481  normal  0.471986 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  34.13 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  34.13 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  34.13 
 
 
482 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  30.86 
 
 
464 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6372  type II and III secretion system protein  33.93 
 
 
646 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118292  normal  0.881452 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6784  type II and III secretion system protein  33.93 
 
 
642 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0225639  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5498  type II and III secretion system protein  33.93 
 
 
642 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0729153  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  35.38 
 
 
473 aa  183  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5321  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 
700 aa  183  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293093  hitchhiker  0.00147308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1516  type II and III secretion system protein  33.01 
 
 
517 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1129  type II and III secretion system protein  31.89 
 
 
493 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0311226  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0793  type II and III secretion system protein  32.05 
 
 
571 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00997149  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7201  Flp pilus assembly protein secretin CpaC  33.86 
 
 
652 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.360081  normal  0.571499 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2268  type II and III secretion system protein  41.95 
 
 
679 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144495  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2360  type II and III secretion system protein  31.63 
 
 
574 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0591  type II and III secretion system protein  33.66 
 
 
663 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341845  normal  0.0532026 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6292  type II and III secretion system protein  39.46 
 
 
657 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260655  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1312  phospholipid-binding domain-containing protein  41.35 
 
 
690 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3085  type II/III secretion system protein  41.35 
 
 
690 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2960  type II/III secretion system protein  41.35 
 
 
690 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2644  type II and III secretion system protein:transport-associated  32.18 
 
 
633 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  31.39 
 
 
466 aa  179  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2549  type II and III secretion system protein  32.41 
 
 
514 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  31.52 
 
 
483 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5996  type II and III secretion system protein  38.7 
 
 
656 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344192  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2695  type II and III secretion system protein  32.66 
 
 
530 aa  177  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1079  type II and III secretion system protein  37.04 
 
 
539 aa  176  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103165  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4614  type II and III secretion system protein  30.65 
 
 
595 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.228192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  37.19 
 
 
479 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2013  type II and III secretion system protein  30.18 
 
 
478 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1519  type II and III secretion system protein  33.98 
 
 
504 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  30.08 
 
 
436 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0391  type II and III secretion system protein  37.02 
 
 
486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  32.84 
 
 
423 aa  163  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2703  type II and III secretion system protein  30.37 
 
 
499 aa  163  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.523249  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  32.28 
 
 
474 aa  162  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1727  type II and III secretion system protein  38.4 
 
 
520 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2346  type II and III secretion system protein  32.35 
 
 
497 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.397877  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0419  type II and III secretion system protein  32.75 
 
 
491 aa  162  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0601  type II/III secretion system protein  27.85 
 
 
439 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.570142  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  32.19 
 
 
461 aa  161  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>