More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3567 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 371 aa  727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  61.02 
 
 		 379 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  53.49 
 
 		 401 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  54.33 
 
 		 402 aa  350  3e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  54.19 
 
 		 401 aa  349  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  50.14 
 
 		 372 aa  332  5e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  53.55 
 
 		 365 aa  327  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  50.4 
 
 		 374 aa  325  9e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  50.43 
 
 		 336 aa  318  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  50.95 
 
 		 389 aa  317  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  51.83 
 
 		 382 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  50.37 
 
 		 408 aa  311  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  54.52 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  48.87 
 
 		 399 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 386 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  45.07 
 
 		 409 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  45.72 
 
 		 421 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  46.94 
 
 		 422 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  49.18 
 
 		 358 aa  295  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  47.19 
 
 		 475 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  46.94 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  46.32 
 
 		 448 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 422 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  46.19 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  51.36 
 
 		 434 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.01 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  50.13 
 
 		 396 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  50.13 
 
 		 396 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  50.13 
 
 		 434 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  50.13 
 
 		 434 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  48.7 
 
 		 387 aa  279  6e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  51.09 
 
 		 434 aa  278  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  45 
 
 		 422 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  49.08 
 
 		 379 aa  276  3e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  50.13 
 
 		 434 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  46.5 
 
 		 405 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  57.48 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  45.55 
 
 		 375 aa  263  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  45.93 
 
 		 379 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  45.73 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  47.74 
 
 		 425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  41.49 
 
 		 377 aa  253  3e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  45.75 
 
 		 364 aa  250  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.01 
 
 		 399 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  44.74 
 
 		 384 aa  243  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  44.06 
 
 		 377 aa  242  7.999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  47.4 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  39.29 
 
 		 369 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  46.13 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  44.78 
 
 		 365 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  44.78 
 
 		 365 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  43.43 
 
 		 368 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  44.48 
 
 		 361 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.08 
 
 		 369 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  42.07 
 
 		 379 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  42.93 
 
 		 365 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  45.05 
 
 		 394 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  50 
 
 		 362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  41.67 
 
 		 358 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  40.81 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  44.15 
 
 		 361 aa  233  5e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  44.83 
 
 		 308 aa  232  9e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  44.08 
 
 		 369 aa  231  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  43.68 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  39.37 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  47.44 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  42.7 
 
 		 365 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  44.83 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  49.14 
 
 		 362 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  41.53 
 
 		 377 aa  230  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  41.79 
 
 		 381 aa  228  2e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  42.39 
 
 		 365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  43.01 
 
 		 372 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  41.79 
 
 		 381 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  41.72 
 
 		 362 aa  225  8e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  40.66 
 
 		 383 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  43.02 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  42.24 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  41.58 
 
 		 366 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  41.04 
 
 		 368 aa  223  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  39.3 
 
 		 369 aa  222  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  44.11 
 
 		 373 aa  222  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  39.56 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  43.24 
 
 		 385 aa  220  3e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  41.11 
 
 		 405 aa  219  7e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  35.23 
 
 		 370 aa  218  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  41.39 
 
 		 338 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.37 
 
 		 366 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  39.17 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  39.1 
 
 		 375 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  42.48 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  42.38 
 
 		 338 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  42.72 
 
 		 338 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  39.95 
 
 		 364 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  40.33 
 
 		 374 aa  213  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  41.22 
 
 		 368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  39.12 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  38.83 
 
 		 375 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>