237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3526 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3526  outer membrane protein OmpW  100 
 
 
241 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3378  OmpW  70.25 
 
 
241 aa  353  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.68852  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3221  OmpW family protein  57.27 
 
 
239 aa  268  8e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3545  OmpW family protein  56.83 
 
 
239 aa  267  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.506265 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3350  putative outer membrane W signal peptide protein  55.46 
 
 
241 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3528  OmpW family protein  46.72 
 
 
246 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489275  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2738  OmpW family outer membrane protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3720  OmpW family outer membrane protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3750  ompW family protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0363  OmpW family outer membrane porin  46.47 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.160886 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1765  OmpW family outer membrane protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3509  OmpW family protein  43.5 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.694204  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3692  ompW family protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2789  OmpW family outer membrane protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3214  OmpW family outer membrane protein  48.65 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2790  OmpW family protein  44.4 
 
 
240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.888162  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3593  OmpW family protein  46.06 
 
 
241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192087  hitchhiker  0.00000065316 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3016  OmpW family outer membrane protein  47.71 
 
 
243 aa  206  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0303  OmpW family protein  49.55 
 
 
243 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.128048  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2707  OmpW  45.49 
 
 
243 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0379  OmpW family protein  45.49 
 
 
243 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736449  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0400  OmpW family protein  45.49 
 
 
243 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.869895  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0319  OmpW family protein  47.32 
 
 
243 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.108332  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0328  OmpW family protein  47.32 
 
 
243 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.73763 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5285  OmpW family protein  45 
 
 
245 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3497  OmpW family protein  46.43 
 
 
243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.650104  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0546  OmpW family protein  34.91 
 
 
274 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.768523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3117  OmpW family outer membrane protein  37.63 
 
 
276 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00001264  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3858  ompW family protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00164107  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2593  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.964687  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3525  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0026  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000541983  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1962  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3516  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3797  ompW family protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.00000000000517916  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3131  OmpW family outer membrane protein  37.18 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5811  OmpW family protein  34.96 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0168261 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4515  OmpW family protein  35.27 
 
 
274 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144856  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5040  OmpW family protein  35.27 
 
 
274 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.29501  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5178  OmpW family protein  34.67 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3265  OmpW  34.67 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5103  OmpW family protein  34.67 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3683  OmpW family protein  34.77 
 
 
274 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286443  unclonable  0.0000000000000106929 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0238  OmpW family protein  37.11 
 
 
277 aa  154  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000689668  unclonable  0.0000000000300165 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0230  OmpW family protein  36.72 
 
 
277 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000579119  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3410  OmpW family protein  35.94 
 
 
277 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000136478  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0273  OmpW family outer membrane porin  33.94 
 
 
274 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000012547  unclonable  0.000000709917 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0214  OmpW family protein  35.55 
 
 
277 aa  151  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.00000000000152591  unclonable  0.00000000000991303 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1433  OmpW family outer membrane protein  33.93 
 
 
274 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0291  OmpW family protein  35.94 
 
 
277 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000251819  unclonable  0.0000000000417391 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0989  OmpW family protein  38.37 
 
 
241 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3443  OmpW  34.28 
 
 
282 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.021221  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5082  OmpW  38.11 
 
 
241 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133195  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5778  OmpW family protein  38.11 
 
 
241 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4400  OmpW family protein  38.11 
 
 
241 aa  148  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2795  OmpW  35.55 
 
 
277 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0311  OmpW family protein  35.55 
 
 
277 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000300179  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0411  OmpW family protein  37.9 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0130302 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2010  OmpW family outer membrane protein  33.21 
 
 
274 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2734  OmpW family outer membrane protein  33.21 
 
 
290 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.355181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3131  OmpW family outer membrane protein  33.21 
 
 
290 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2023  OmpW family protein  35.77 
 
 
274 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  0.457638 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0901  OmpW family outer membrane protein  33.21 
 
 
290 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1875  OmpW family outer membrane protein  33.21 
 
 
290 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.253498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3591  outer membrane protein OmpW  34.52 
 
 
286 aa  142  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.921403  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2417  OmpW family protein  35.4 
 
 
274 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.729819  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0426  OmpW family protein  37.1 
 
 
306 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0265216  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3168  OmpW family outer membrane protein  32.86 
 
 
290 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.815433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3185  OmpW family outer membrane protein  32.86 
 
 
274 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0684356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1876  outer membrane protein W  34.03 
 
 
212 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000262717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01230  outer membrane protein W  34.03 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2392  OmpW family protein  34.03 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.160177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2371  outer membrane protein W  34.03 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535822  hitchhiker  0.00000160145 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1365  outer membrane protein W  34.03 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01240  hypothetical protein  34.03 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  34.18 
 
 
210 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2283  outer membrane protein W  34.6 
 
 
211 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1414  outer membrane protein W  33.47 
 
 
212 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.157023  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1922  outer membrane protein W  33.61 
 
 
212 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0854242  hitchhiker  0.00107444 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1864  outer membrane protein W  33.61 
 
 
212 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.904155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1596  outer membrane protein W  33.61 
 
 
212 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.597068 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1859  outer membrane protein W  33.61 
 
 
212 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1743  outer membrane protein W  32.77 
 
 
212 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000820415  hitchhiker  0.000840764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1425  outer membrane protein W  32.77 
 
 
212 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0528971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1414  outer membrane protein W  32.77 
 
 
212 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0785515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0194  OmpW  33.93 
 
 
227 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1939  outer membrane protein W  32.63 
 
 
210 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5029  OmpW  29.73 
 
 
232 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  32.37 
 
 
213 aa  102  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  33.04 
 
 
210 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  33.33 
 
 
214 aa  99.4  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000387398  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2787  outer membrane protein W  34.52 
 
 
215 aa  99  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0424619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2674  outer membrane protein W  31.4 
 
 
223 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000169515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2589  outer membrane protein W  29.88 
 
 
214 aa  96.7  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000746821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2049  outer membrane protein W  29.05 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000903  outer membrane protein W precursor  32.57 
 
 
214 aa  96.3  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1940  outer membrane protein W  29.1 
 
 
211 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.218273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2322  outer membrane protein W  29.1 
 
 
211 aa  96.3  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4473  OmpW  30.74 
 
 
228 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2180  outer membrane protein W  30.21 
 
 
210 aa  95.1  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.41802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>