More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3488 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  94.78 
 
 
383 aa  738    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
383 aa  768    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  76.8 
 
 
380 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  76.88 
 
 
377 aa  584  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  75.27 
 
 
381 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  77.72 
 
 
381 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  70.73 
 
 
382 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  70.23 
 
 
379 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  69.45 
 
 
379 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  71.77 
 
 
382 aa  545  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  69.45 
 
 
379 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
379 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  69.45 
 
 
379 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 
379 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.4 
 
 
382 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 
379 aa  544  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 
379 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  69.45 
 
 
379 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 
379 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  71.94 
 
 
375 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  69.45 
 
 
379 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  69.19 
 
 
379 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  69.45 
 
 
379 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  69.45 
 
 
379 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  55.8 
 
 
378 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  55.8 
 
 
378 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 
378 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.26 
 
 
428 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 
392 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 
392 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 
392 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  51.19 
 
 
371 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  52.27 
 
 
460 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
386 aa  357  2.9999999999999997e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  52.29 
 
 
401 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.08 
 
 
383 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  51.14 
 
 
400 aa  352  4e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  52 
 
 
401 aa  352  8e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  48.95 
 
 
383 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  47.85 
 
 
380 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  48.13 
 
 
393 aa  347  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  51.14 
 
 
401 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  47.59 
 
 
388 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.95 
 
 
388 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  47.06 
 
 
388 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  47.06 
 
 
388 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  49.14 
 
 
381 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  52.69 
 
 
336 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  47.5 
 
 
388 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  47.22 
 
 
388 aa  338  7e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.97 
 
 
402 aa  338  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.19 
 
 
515 aa  338  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  47.58 
 
 
383 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 
461 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 
461 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 
380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  47.24 
 
 
380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  48.57 
 
 
381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.43 
 
 
376 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.15 
 
 
380 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  46.13 
 
 
382 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  49.43 
 
 
380 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50 
 
 
378 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 
399 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  46.38 
 
 
388 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 
383 aa  335  7e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  49.15 
 
 
380 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  45.67 
 
 
382 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  45.41 
 
 
382 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.14 
 
 
377 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  50.73 
 
 
398 aa  333  3e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  48.74 
 
 
383 aa  333  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  47.63 
 
 
382 aa  333  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  48.86 
 
 
380 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.72 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.72 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.72 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.58 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  49.72 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.72 
 
 
380 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  49.72 
 
 
372 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  45 
 
 
382 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  48.3 
 
 
384 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  48.3 
 
 
384 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.02 
 
 
408 aa  330  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
384 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  48.44 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
391 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
391 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  48.3 
 
 
384 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
399 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.41 
 
 
467 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  47.47 
 
 
381 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>