More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3267 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  82.05 
 
 		 192 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  77.22 
 
 		 190 aa  293  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  79.89 
 
 		 183 aa  284  7e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  77.14 
 
 		 184 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  76.57 
 
 		 184 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  77.25 
 
 		 179 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  76.65 
 
 		 179 aa  272  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  75.43 
 
 		 184 aa  272  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  68.81 
 
 		 209 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  75.29 
 
 		 183 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  75.86 
 
 		 183 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  70.37 
 
 		 199 aa  270  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  74.86 
 
 		 177 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  74.86 
 
 		 177 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  74.86 
 
 		 177 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  74.86 
 
 		 184 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  74.86 
 
 		 177 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  74.86 
 
 		 177 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  76.79 
 
 		 169 aa  264  8e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  76.19 
 
 		 169 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  75 
 
 		 169 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  75.78 
 
 		 162 aa  250  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  58.82 
 
 		 183 aa  206  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  58.68 
 
 		 195 aa  204  7e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  61.21 
 
 		 170 aa  204  7e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  59.2 
 
 		 182 aa  204  9e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  62.87 
 
 		 196 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  57.23 
 
 		 182 aa  198  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  60 
 
 		 161 aa  198  7e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  59.38 
 
 		 161 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  57.8 
 
 		 174 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  60.98 
 
 		 190 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  56.59 
 
 		 184 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  55.81 
 
 		 179 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  54.97 
 
 		 179 aa  188  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  56.89 
 
 		 172 aa  185  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  54.24 
 
 		 182 aa  184  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  57.93 
 
 		 177 aa  178  7e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  53.89 
 
 		 174 aa  178  8e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  53.75 
 
 		 190 aa  174  9e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  57.83 
 
 		 178 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  53.05 
 
 		 175 aa  171  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  53.05 
 
 		 175 aa  171  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  53.33 
 
 		 167 aa  171  6.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  57.43 
 
 		 172 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  57.43 
 
 		 172 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  59.46 
 
 		 172 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  58.11 
 
 		 172 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  56.29 
 
 		 180 aa  169  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  56.63 
 
 		 179 aa  169  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  51.18 
 
 		 173 aa  169  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  56.63 
 
 		 178 aa  169  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  59.46 
 
 		 172 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  51.18 
 
 		 173 aa  168  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  50.59 
 
 		 173 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  50.59 
 
 		 173 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  50.59 
 
 		 173 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  50.6 
 
 		 171 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  166  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  50.59 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  50.6 
 
 		 171 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  50.6 
 
 		 171 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  53.93 
 
 		 183 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 171 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  45.69 
 
 		 225 aa  164  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  50 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  50 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  56.76 
 
 		 172 aa  164  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  48.81 
 
 		 171 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  55.7 
 
 		 163 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  58.16 
 
 		 163 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  55.41 
 
 		 172 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  52.73 
 
 		 175 aa  163  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  50 
 
 		 173 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  55.41 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 171 aa  162  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  48.24 
 
 		 171 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  50 
 
 		 171 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 171 aa  162  6e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  48.81 
 
 		 171 aa  161  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  48.52 
 
 		 172 aa  161  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  48.81 
 
 		 171 aa  161  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  54.36 
 
 		 176 aa  160  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 171 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  49.4 
 
 		 171 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>