More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3077 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  51.64 
 
 
745 aa  760    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2876  TonB-dependent siderophore receptor  78.75 
 
 
751 aa  1187    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  75.4 
 
 
742 aa  1179    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  53.03 
 
 
734 aa  756    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  54.15 
 
 
732 aa  772    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  75.4 
 
 
742 aa  1179    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5005  TonB-dependent siderophore receptor  52.89 
 
 
736 aa  736    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
753 aa  1544    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4480  TonB-dependent siderophore receptor  53.29 
 
 
734 aa  726    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.938344  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7101  TonB-dependent siderophore receptor  54.35 
 
 
732 aa  773    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  36.3 
 
 
747 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  36.13 
 
 
759 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  35.65 
 
 
759 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0238  TonB-dependent siderophore receptor  33.76 
 
 
777 aa  363  5.0000000000000005e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0584339  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  34.36 
 
 
720 aa  362  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  33.73 
 
 
732 aa  362  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  33.86 
 
 
753 aa  362  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3638  TonB-dependent siderophore receptor  33.55 
 
 
821 aa  360  6e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  31.94 
 
 
710 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  31.52 
 
 
770 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  31.82 
 
 
710 aa  356  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0894  TonB-dependent siderophore receptor  32.68 
 
 
747 aa  354  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744699  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  33.83 
 
 
733 aa  351  3e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0794  TonB-dependent siderophore receptor  33.42 
 
 
749 aa  350  6e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.038915  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  34.14 
 
 
731 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  32.65 
 
 
792 aa  348  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2996  TonB-dependent siderophore receptor  34.72 
 
 
733 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18602  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4190  TonB-dependent siderophore receptor  31.95 
 
 
747 aa  348  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487534  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  35.23 
 
 
733 aa  347  4e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1203  outer membrane ferric siderophore receptor  33.7 
 
 
772 aa  347  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83325  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2859  TonB-dependent siderophore receptor  34.12 
 
 
733 aa  347  7e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.335633 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 
707 aa  346  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 
766 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  32.71 
 
 
719 aa  345  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4712  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 
747 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.779821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3297  TonB-dependent siderophore receptor  33.02 
 
 
733 aa  343  5e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  31.22 
 
 
753 aa  341  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4808  TonB-dependent siderophore receptor  32.08 
 
 
747 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.981163  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5475  TonB-dependent siderophore receptor  32.08 
 
 
747 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.546607  normal  0.0926979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3526  TonB-dependent siderophore receptor  34.06 
 
 
722 aa  340  7e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1688  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 
748 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0198  outer membrane ferric siderophore receptor  32.61 
 
 
748 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0160883  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1607  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 
748 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3559  TonB-dependent siderophore receptor  31.95 
 
 
747 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 
769 aa  335  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3795  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 
748 aa  334  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  32.86 
 
 
760 aa  333  9e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  32.7 
 
 
715 aa  332  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  33.55 
 
 
780 aa  331  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3724  TonB-dependent receptor for iron transport  33.79 
 
 
765 aa  331  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 
694 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  32.58 
 
 
762 aa  325  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  30.67 
 
 
731 aa  323  6e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  30.8 
 
 
731 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  31.13 
 
 
730 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 
763 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  31.13 
 
 
730 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 
773 aa  320  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  31.85 
 
 
730 aa  320  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 
768 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  30.54 
 
 
731 aa  319  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 
730 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3914  TonB-dependent receptor, putative  31.28 
 
 
730 aa  317  8e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0723  TonB-dependent siderophore receptor  30.99 
 
 
740 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0469238  normal  0.27958 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 
741 aa  311  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  31.81 
 
 
794 aa  307  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  31.46 
 
 
826 aa  303  5.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 
724 aa  302  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3047  TonB-dependent siderophore receptor  30.41 
 
 
737 aa  302  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773185  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  31.29 
 
 
706 aa  300  5e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  31.29 
 
 
706 aa  300  5e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  31.9 
 
 
695 aa  296  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0837  TonB-dependent siderophore receptor  29.95 
 
 
759 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213171  normal  0.109269 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1569  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 
767 aa  295  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.428413 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  31.01 
 
 
767 aa  289  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  30.62 
 
 
727 aa  289  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1808  TonB-dependent siderophore receptor  30.42 
 
 
739 aa  287  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1948  TonB-dependent receptor plug  30.62 
 
 
815 aa  285  3.0000000000000004e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2558  TonB-dependent siderophore receptor  30.82 
 
 
760 aa  284  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.897783  normal  0.0361628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1078  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 
748 aa  283  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  30.96 
 
 
757 aa  281  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  30.68 
 
 
709 aa  280  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  29.32 
 
 
743 aa  273  6e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  31.8 
 
 
741 aa  269  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0576  catecholate siderophore receptor Fiu  29.9 
 
 
754 aa  258  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000714833  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1524  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 
847 aa  259  2e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00772  predicted iron outer membrane transporter  27.46 
 
 
760 aa  258  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00789  hypothetical protein  27.46 
 
 
760 aa  258  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0873  catecholate siderophore receptor Fiu  27.22 
 
 
760 aa  258  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  29.41 
 
 
707 aa  258  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2837  TonB-dependent siderophore receptor  27.22 
 
 
760 aa  257  5e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0860  catecholate siderophore receptor Fiu  27.22 
 
 
760 aa  257  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2838  catecholate siderophore receptor Fiu  27.22 
 
 
760 aa  257  5e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.167931 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0829  catecholate siderophore receptor Fiu  27.22 
 
 
760 aa  256  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0954  catecholate siderophore receptor Fiu  27.09 
 
 
760 aa  256  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.691601  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 
700 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  29 
 
 
776 aa  254  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0095  TonB-dependent siderophore receptor  30.36 
 
 
823 aa  252  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  27.5 
 
 
755 aa  249  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 
769 aa  246  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>