More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3063 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 
162 aa  335  2e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  80.25 
 
 
162 aa  258  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  77.7 
 
 
207 aa  248  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3499  3-dehydroquinate dehydratase  74.84 
 
 
207 aa  244  5e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0421  3-dehydroquinate dehydratase  74.84 
 
 
207 aa  243  7e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  79.05 
 
 
150 aa  242  1e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2500  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  242  2e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263847  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1280  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  242  2e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3464  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  242  2e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3502  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  242  2e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248237  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3284  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  242  2e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2628  3-dehydroquinate dehydratase  76.35 
 
 
154 aa  241  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2785  3-dehydroquinate dehydratase  79.43 
 
 
156 aa  241  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0532  3-dehydroquinate dehydratase  77.7 
 
 
150 aa  241  4e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.68766  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0508  3-dehydroquinate dehydratase  77.7 
 
 
150 aa  241  4e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  76.87 
 
 
151 aa  240  8e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0575  3-dehydroquinate dehydratase  77.7 
 
 
150 aa  239  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.60325e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0533  3-dehydroquinate dehydratase  76.87 
 
 
151 aa  239  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0606  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  238  3e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0123  3-dehydroquinate dehydratase  77.03 
 
 
150 aa  238  3e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2620  3-dehydroquinate dehydratase  77.46 
 
 
155 aa  237  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.535696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3030  3-dehydroquinate dehydratase  77.46 
 
 
155 aa  237  6e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3940  3-dehydroquinate dehydratase  76.64 
 
 
141 aa  221  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.39911e-15  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3689  3-dehydroquinate dehydratase  77.7 
 
 
150 aa  220  5e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0620  3-dehydroquinate dehydratase  75 
 
 
151 aa  214  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0159708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5566  3-dehydroquinate dehydratase  73.94 
 
 
147 aa  211  3e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64090  3-dehydroquinate dehydratase  73.94 
 
 
147 aa  211  3e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4859  3-dehydroquinate dehydratase, type II  71.92 
 
 
150 aa  210  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4399  3-dehydroquinate dehydratase  71.92 
 
 
150 aa  210  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3205  3-dehydroquinate dehydratase  71.94 
 
 
148 aa  210  8e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0087334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3646  3-dehydroquinate dehydratase  65.31 
 
 
149 aa  207  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.231395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0715  3-dehydroquinate dehydratase  70.71 
 
 
148 aa  205  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0605  3-dehydroquinate dehydratase  71.43 
 
 
151 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0678891 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0599  3-dehydroquinate dehydratase  71.43 
 
 
151 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0211  3-dehydroquinate dehydratase  67.61 
 
 
149 aa  203  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.324309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0560  3-dehydroquinate dehydratase  71.43 
 
 
151 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4605  3-dehydroquinate dehydratase  70 
 
 
150 aa  200  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.853087  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06970  3-dehydroquinate dehydratase  68.57 
 
 
147 aa  198  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3443  3-dehydroquinate dehydratase, type II  68.57 
 
 
146 aa  198  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0231  3-dehydroquinate dehydratase  65 
 
 
149 aa  197  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.447722  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0026  3-dehydroquinate dehydratase  68.12 
 
 
152 aa  197  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  70.8 
 
 
145 aa  197  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0183  3-dehydroquinate dehydratase  66.43 
 
 
172 aa  196  1e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0858965 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2754  3-dehydroquinate dehydratase  62.76 
 
 
151 aa  195  2e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002198  3-dehydroquinate dehydratase II  66.43 
 
 
149 aa  194  4e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0180031  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2283  3-dehydroquinate dehydratase  68.09 
 
 
145 aa  192  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00170  3-dehydroquinate dehydratase  66.43 
 
 
179 aa  192  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0813  3-dehydroquinate dehydratase  66.43 
 
 
146 aa  192  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01135  Catabolic 3-dehydroquinase (EC 4.2.1.10)(3-dehydroquinate dehydratase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P05147]  65.94 
 
 
153 aa  192  2e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.174731 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0768  3-dehydroquinate dehydratase  58.75 
 
 
167 aa  191  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.17323e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  63.12 
 
 
150 aa  188  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0534  3-dehydroquinate dehydratase  63.45 
 
 
148 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  2.93709e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03007  3-dehydroquinate dehydratase  64.29 
 
 
148 aa  186  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0530  3-dehydroquinate dehydratase  63.24 
 
 
145 aa  185  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0506  3-dehydroquinate dehydratase  63.24 
 
 
145 aa  184  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4088  3-dehydroquinate dehydratase  60.54 
 
 
151 aa  184  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3363  3-dehydroquinate dehydratase, type II  64.83 
 
 
150 aa  184  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.259013 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_62322  3-dehydroquinate dehydratase 1 (3-dehydroquinase 1) (Type II DHQase 1)  59.86 
 
 
146 aa  183  8e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3593  3-dehydroquinate dehydratase  64.75 
 
 
148 aa  183  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2690  3-dehydroquinate dehydratase  66.19 
 
 
150 aa  183  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000775969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3348  3-dehydroquinate dehydratase  63.12 
 
 
144 aa  182  2e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3692  3-dehydroquinate dehydratase  62.14 
 
 
150 aa  181  4e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.526895  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0546  3-dehydroquinate dehydratase  60.54 
 
 
149 aa  181  5e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0088  3-dehydroquinate dehydratase  62.86 
 
 
161 aa  181  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3121  3-dehydroquinate dehydratase, type II  63.83 
 
 
149 aa  180  9e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1053  3-dehydroquinate dehydratase  63.12 
 
 
147 aa  179  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  1.05156e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1476  3-dehydroquinate dehydratase  63.89 
 
 
178 aa  178  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.657033  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3520  3-dehydroquinate dehydratase  64.03 
 
 
144 aa  178  3e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0511  3-dehydroquinate dehydratase  64.03 
 
 
144 aa  178  3e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0512  3-dehydroquinate dehydratase  60.96 
 
 
146 aa  177  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0511  3-dehydroquinate dehydratase  64.03 
 
 
144 aa  177  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0941  3-dehydroquinate dehydratase  63.01 
 
 
178 aa  177  5e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0294  3-dehydroquinate dehydratase  62.14 
 
 
143 aa  177  6e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  65.93 
 
 
144 aa  177  6e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0470  3-dehydroquinate dehydratase  63.31 
 
 
146 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.02213e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03924  3-dehydroquinate dehydratase (3-dehydroquinase) (Type II DHQase)  63.31 
 
 
146 aa  175  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.252405  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3854  3-dehydroquinate dehydratase  63.31 
 
 
146 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.31735  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2337  3-dehydroquinate dehydratase, type II  64.93 
 
 
148 aa  175  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.672257  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3798  3-dehydroquinate dehydratase  63.31 
 
 
146 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.34533e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1044  3-dehydroquinate dehydratase  63.77 
 
 
148 aa  175  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.983383  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3980  3-dehydroquinate dehydratase  63.31 
 
 
146 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2228  3-dehydroquinate dehydratase, type II  58.04 
 
 
149 aa  174  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2657  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 
149 aa  174  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.54633e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2834  3-dehydroquinate dehydratase  60.28 
 
 
149 aa  173  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0506337  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  62.86 
 
 
184 aa  172  1e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3194  3-dehydroquinate dehydratase  62.32 
 
 
151 aa  172  1e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0668  3-dehydroquinate dehydratase  55.19 
 
 
156 aa  172  1e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  62.22 
 
 
144 aa  172  2e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  5.27848e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2022  3-dehydroquinate dehydratase  64.44 
 
 
150 aa  172  2e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3731  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 
157 aa  172  2e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318206  hitchhiker  0.00144149 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1559  3-dehydroquinate dehydratase  62.96 
 
 
149 aa  172  2e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.897026  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  63.7 
 
 
150 aa  171  4e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 
148 aa  170  8e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0376  3-dehydroquinate dehydratase  64.44 
 
 
153 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.071732  normal  0.0167457 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0197  3-dehydroquinate dehydratase  64.44 
 
 
153 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  56.58 
 
 
152 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0040  3-dehydroquinate dehydratase  61.43 
 
 
244 aa  168  2e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0032  3-dehydroquinate dehydratase  61.43 
 
 
148 aa  168  3e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  56.85 
 
 
149 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  63.04 
 
 
148 aa  167  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  7.97805e-05 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>