183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3010 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  93.52 
 
 
560 aa  923    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  100 
 
 
509 aa  1035    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  99.8 
 
 
572 aa  1035    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  99.8 
 
 
562 aa  1035    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  90.19 
 
 
422 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  64.38 
 
 
554 aa  608  1e-173  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  42.08 
 
 
556 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  42.08 
 
 
556 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  42.08 
 
 
556 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  42.08 
 
 
556 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  40.16 
 
 
625 aa  375  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  41.47 
 
 
551 aa  355  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  39 
 
 
626 aa  335  7.999999999999999e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  35.67 
 
 
616 aa  333  4e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  37.73 
 
 
640 aa  326  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  37.73 
 
 
640 aa  326  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  38.72 
 
 
640 aa  326  7e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  38.51 
 
 
640 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  38.63 
 
 
611 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  39.34 
 
 
548 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  38.51 
 
 
632 aa  311  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  38.05 
 
 
630 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  36.99 
 
 
595 aa  310  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  42.34 
 
 
547 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  39.18 
 
 
536 aa  294  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  39.21 
 
 
541 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  39.21 
 
 
541 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  39.21 
 
 
541 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  39.21 
 
 
541 aa  294  3e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  35.77 
 
 
542 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  39.83 
 
 
547 aa  286  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  32.27 
 
 
618 aa  283  5.000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  32.27 
 
 
618 aa  283  5.000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  33.05 
 
 
636 aa  273  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  34.24 
 
 
614 aa  269  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  40 
 
 
599 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  40 
 
 
599 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  31.53 
 
 
618 aa  263  6.999999999999999e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  38.72 
 
 
552 aa  256  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  44.88 
 
 
497 aa  240  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  44.22 
 
 
382 aa  239  8e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  33.74 
 
 
550 aa  225  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  35.36 
 
 
560 aa  207  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  39.15 
 
 
291 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  31.67 
 
 
617 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  34.23 
 
 
617 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  31.95 
 
 
733 aa  150  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  32.34 
 
 
649 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  31.27 
 
 
704 aa  146  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  30.07 
 
 
677 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  30.07 
 
 
652 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  30.07 
 
 
652 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  30.07 
 
 
652 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  29.92 
 
 
558 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  29.92 
 
 
558 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  29.82 
 
 
560 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  30.86 
 
 
561 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  27.93 
 
 
670 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  40.11 
 
 
322 aa  123  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  26.88 
 
 
902 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  27.61 
 
 
721 aa  116  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 
810 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  25.45 
 
 
481 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  29.18 
 
 
497 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  29.18 
 
 
497 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  29.18 
 
 
497 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  26.68 
 
 
663 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  23.62 
 
 
636 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  25.76 
 
 
902 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  25.23 
 
 
481 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  24.74 
 
 
653 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  25.58 
 
 
900 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  25.58 
 
 
900 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  31.97 
 
 
710 aa  106  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2334  integrase, catalytic region  86.67 
 
 
140 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.812874  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  34.22 
 
 
782 aa  106  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  26.68 
 
 
581 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  22.73 
 
 
480 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  22.73 
 
 
480 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  30.9 
 
 
785 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  28.4 
 
 
555 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 
905 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 
905 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 
905 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 
905 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  24.68 
 
 
905 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  25.42 
 
 
650 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  26.63 
 
 
754 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  27.82 
 
 
567 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  25.18 
 
 
917 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  24.79 
 
 
782 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0321  TniAdelta1  52.29 
 
 
168 aa  92.4  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.108284  normal  0.0199822 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  25.81 
 
 
468 aa  91.3  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  33.73 
 
 
614 aa  89  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  33.73 
 
 
614 aa  89  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  33.73 
 
 
614 aa  89  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  25.27 
 
 
728 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  24.14 
 
 
907 aa  87  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  23.56 
 
 
662 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  23.56 
 
 
662 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.250569 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>