278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2904 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2904  30S ribosomal protein S20  100 
 
 
88 aa  161  2e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2765  30S ribosomal protein S20  94.32 
 
 
88 aa  153  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2556  30S ribosomal protein S20  84.09 
 
 
88 aa  137  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548445  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  79.55 
 
 
88 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0677  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0377  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0126  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1075  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0923  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0919  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.459642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0735  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2512  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  130  7e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0759  30S ribosomal protein S20  78.41 
 
 
92 aa  127  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3203  30S ribosomal protein S20  77.27 
 
 
92 aa  127  5e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0531  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
92 aa  124  4e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0745  30S ribosomal protein S20  72.73 
 
 
90 aa  123  8e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.426088 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5883  30S ribosomal protein S20  71.59 
 
 
90 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2575  30S ribosomal protein S20  70.45 
 
 
90 aa  120  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.931195 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2551  30S ribosomal protein S20  70.45 
 
 
90 aa  120  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2600  30S ribosomal protein S20  70.45 
 
 
90 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1939  30S ribosomal protein S20  70.45 
 
 
90 aa  120  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2470  30S ribosomal protein S20  70.45 
 
 
90 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0125567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  74.71 
 
 
87 aa  119  1e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  72.73 
 
 
89 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2211  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 
87 aa  118  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.829407  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1471  30S ribosomal protein S20  76.14 
 
 
88 aa  115  2e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1756  30S ribosomal protein S20  75 
 
 
88 aa  115  2e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.443874  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2832  30S ribosomal protein S20  80.68 
 
 
88 aa  111  4e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.462714  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2426  30S ribosomal protein S20  80.68 
 
 
88 aa  111  4e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.542017 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  68.97 
 
 
87 aa  105  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3027  30S ribosomal protein S20  65.48 
 
 
97 aa  104  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.865381  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2122  30S ribosomal protein S20  61.9 
 
 
100 aa  98.6  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00639471  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2181  30S ribosomal protein S20  61.9 
 
 
97 aa  96.7  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752642  normal  0.564535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1454  30S ribosomal protein S20  59.04 
 
 
104 aa  96.3  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0094  ribosomal protein S20  59.77 
 
 
89 aa  95.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3009  30S ribosomal protein S20  59.04 
 
 
106 aa  94  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2427  30S ribosomal protein S20  63.16 
 
 
100 aa  93.6  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3000  30S ribosomal protein S20  63.16 
 
 
100 aa  93.6  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.468809  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1167  30S ribosomal protein S20  64.47 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0669  30S ribosomal protein S20  64.47 
 
 
100 aa  92.8  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  60.23 
 
 
88 aa  92.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.73203e-15  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4233  ribosomal protein S20  59.77 
 
 
87 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000543427  hitchhiker  9.15309e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 
92 aa  88.6  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  58.62 
 
 
91 aa  88.2  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  55.17 
 
 
87 aa  87.8  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1777  30S ribosomal protein S20  60.53 
 
 
99 aa  87.4  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3210  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  86.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 
91 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  5.03412e-05 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3570  30S ribosomal protein S20  56.96 
 
 
103 aa  85.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  56.82 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 
92 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5203  30S ribosomal protein S20  57.47 
 
 
91 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.614694  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  55.17 
 
 
92 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 
92 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 
92 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 
92 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 
92 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 
92 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  82.8  1e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.22066e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  82.8  1e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.0022e-08  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  56.82 
 
 
88 aa  83.2  1e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.96831e-11  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  82.8  1e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.11095e-08  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 
88 aa  82.8  2e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  7.00681e-09  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  53.49 
 
 
88 aa  81.6  3e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 
88 aa  81.3  4e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.03326e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  52.87 
 
 
87 aa  81.3  5e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 
88 aa  80.9  5e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 
91 aa  80.5  8e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 
91 aa  80.5  8e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0478  SSU ribosomal protein S20P  56.82 
 
 
88 aa  80.5  8e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.075192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.94185e-06  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.08096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  2.04572e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  80.1  1e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  54.55 
 
 
88 aa  80.1  1e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 
88 aa  79  2e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  53.41 
 
 
88 aa  78.6  3e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.53205e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.3085e-09  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00027  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.13778e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.8  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  5.42728e-06  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.55802e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.8  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.98649e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00026  hypothetical protein  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  3.13857e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.1535e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.8  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.61385e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.8  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  8.72417e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3631  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.06786e-06  normal  0.726814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.78838e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.8  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  9.0572e-06  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0025  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.87642e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0027  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  5e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.4189e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  53.49 
 
 
86 aa  77.4  6e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  52.27 
 
 
88 aa  77.4  6e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
87 aa  77.4  6e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  1.60392e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0500  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
90 aa  77  7e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.166841  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1678  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
90 aa  77  7e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  48.86 
 
 
88 aa  76.6  9e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>