87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2846 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  100 
 
 		 194 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  42.78 
 
 		 192 aa  149  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  41.81 
 
 		 180 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  43.18 
 
 		 185 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.37 
 
 		 183 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  41.81 
 
 		 183 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.29 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  41.01 
 
 		 183 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  40.11 
 
 		 181 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  40.11 
 
 		 180 aa  122  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.24 
 
 		 183 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  42.37 
 
 		 182 aa  121  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  40.45 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.32 
 
 		 178 aa  112  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.63 
 
 		 279 aa  108  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.04 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.43 
 
 		 227 aa  96.7  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.79 
 
 		 180 aa  96.7  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.47 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.07 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.32 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.35 
 
 		 196 aa  74.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  30.22 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  27.66 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  28.82 
 
 		 281 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  28.09 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  28.9 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  27.53 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  28.65 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  28.65 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  28.65 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  33.04 
 
 		 602 aa  56.6  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.94 
 
 		 1433 aa  56.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  26.42 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  26.63 
 
 		 281 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  28.4 
 
 		 281 aa  53.9  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  25.44 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 		 1407 aa  50.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  35.8 
 
 		 601 aa  50.4  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 		 215 aa  49.3  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  30.39 
 
 		 616 aa  49.3  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.64 
 
 		 952 aa  48.5  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 769 aa  47  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 		 273 aa  47  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.51 
 
 		 578 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.72 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  28.22 
 
 		 267 aa  45.8  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  41.89 
 
 		 551 aa  45.8  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  26.7 
 
 		 1442 aa  45.4  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.05 
 
 		 715 aa  45.1  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2661  Exonuclease  30.67 
 
 		 204 aa  44.7  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0479324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.78 
 
 		 934 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.71 
 
 		 1390 aa  43.5  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.78 
 
 		 929 aa  43.9  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 		 595 aa  43.5  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.78 
 
 		 934 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.74 
 
 		 927 aa  42.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  28.82 
 
 		 215 aa  42.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  25 
 
 		 489 aa  43.1  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0768  DNA polymerase III subunit epsilon  25.86 
 
 		 262 aa  43.1  0.003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2121  exonuclease family protein  25.25 
 
 		 300 aa  42.4  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.7 
 
 		 934 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2409  exonuclease family protein  25.25 
 
 		 300 aa  42.4  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.16874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  29.28 
 
 		 720 aa  42.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.29 
 
 		 570 aa  42.4  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  33.33 
 
 		 797 aa  42  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 		 218 aa  42.4  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 204 aa  42  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 		 605 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  32.37 
 
 		 607 aa  42  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  32.18 
 
 		 218 aa  41.6  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 		 218 aa  41.2  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 203 aa  41.2  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  27.74 
 
 		 1449 aa  41.2  0.01  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.61 
 
 		 934 aa  41.2  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>