More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2782 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  100 
 
 		 300 aa  610  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  84.19 
 
 		 300 aa  510  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  66.33 
 
 		 303 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  65.33 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.97 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  66.09 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  65.67 
 
 		 318 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  65.49 
 
 		 303 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  63.79 
 
 		 339 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  63.08 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  63.08 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  63.08 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  63.14 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  63.14 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  63.14 
 
 		 332 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  62.37 
 
 		 304 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  62.77 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  63.14 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  63.14 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  63.14 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  64.26 
 
 		 305 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  63.37 
 
 		 310 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  61.65 
 
 		 308 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  47.83 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  47.74 
 
 		 300 aa  287  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  50.53 
 
 		 321 aa  281  8.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  47.64 
 
 		 317 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  46.13 
 
 		 309 aa  261  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  45.2 
 
 		 311 aa  259  4e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  43.21 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  43.79 
 
 		 284 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  42.65 
 
 		 300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  39.04 
 
 		 331 aa  239  5e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.93 
 
 		 287 aa  226  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  37.69 
 
 		 274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  38.46 
 
 		 276 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  35.63 
 
 		 275 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  37.45 
 
 		 285 aa  209  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.13 
 
 		 275 aa  206  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  36.12 
 
 		 276 aa  205  9e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  38.85 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 274 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  36.64 
 
 		 274 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.15 
 
 		 254 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  40.75 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  37.93 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  36.29 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  37.93 
 
 		 275 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  36.58 
 
 		 288 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  37.93 
 
 		 275 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  37.79 
 
 		 275 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  36.29 
 
 		 274 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  37.64 
 
 		 275 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  40 
 
 		 280 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  40 
 
 		 280 aa  193  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  40 
 
 		 280 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  35.66 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  37.55 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  32.75 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  36.88 
 
 		 265 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  32.77 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  35.55 
 
 		 265 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  34.77 
 
 		 265 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.18 
 
 		 276 aa  165  8e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  29.92 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  38.52 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.77 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 264 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  34.19 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  34.82 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.39 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.39 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.39 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.39 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.39 
 
 		 262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  33.59 
 
 		 266 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  34.52 
 
 		 266 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.52 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.23 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.26 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  32.69 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 287 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.52 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.47 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  30.48 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.79 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0559  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 270 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.02 
 
 		 265 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>