More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2745 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  74.9 
 
 
525 aa  787    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  62.87 
 
 
504 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  64.52 
 
 
499 aa  653    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
513 aa  1049    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.85 
 
 
499 aa  651    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  66.93 
 
 
518 aa  686    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  67.2 
 
 
518 aa  680    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.05 
 
 
493 aa  595  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.45 
 
 
492 aa  592  1e-168  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.87 
 
 
490 aa  588  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.32 
 
 
497 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.72 
 
 
511 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.19 
 
 
515 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  60 
 
 
493 aa  563  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.35 
 
 
477 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  58.03 
 
 
492 aa  542  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.51 
 
 
484 aa  538  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.24 
 
 
481 aa  534  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.41 
 
 
488 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.2 
 
 
488 aa  519  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.14 
 
 
470 aa  509  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.96 
 
 
442 aa  367  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.41 
 
 
434 aa  360  3e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.89 
 
 
438 aa  353  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.78 
 
 
487 aa  340  2.9999999999999998e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.8 
 
 
479 aa  338  9.999999999999999e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  42.03 
 
 
433 aa  332  9e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.46 
 
 
434 aa  332  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.11 
 
 
431 aa  326  7e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.52 
 
 
472 aa  323  7e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.52 
 
 
472 aa  323  7e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.2 
 
 
478 aa  319  7e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.08 
 
 
463 aa  319  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
472 aa  318  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.31 
 
 
473 aa  316  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.24 
 
 
486 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.89 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  39.8 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.22 
 
 
481 aa  315  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.2 
 
 
475 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.9 
 
 
472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.04 
 
 
472 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.04 
 
 
472 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  42.04 
 
 
473 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.76 
 
 
491 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.9 
 
 
473 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.62 
 
 
481 aa  312  1e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.9 
 
 
473 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  38.05 
 
 
434 aa  310  4e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.9 
 
 
473 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.7 
 
 
473 aa  310  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.01 
 
 
479 aa  307  2.0000000000000002e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  41.96 
 
 
456 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.08 
 
 
484 aa  306  6e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.59 
 
 
471 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.44 
 
 
474 aa  304  2.0000000000000002e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.84 
 
 
453 aa  305  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.52 
 
 
470 aa  305  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.25 
 
 
483 aa  303  4.0000000000000003e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.43 
 
 
484 aa  303  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.31 
 
 
469 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.6 
 
 
487 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  36.14 
 
 
474 aa  300  5e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.72 
 
 
487 aa  300  5e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.55 
 
 
471 aa  299  6e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.6 
 
 
487 aa  299  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.29 
 
 
499 aa  298  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.35 
 
 
471 aa  296  4e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.45 
 
 
462 aa  295  1e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.35 
 
 
492 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.62 
 
 
497 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.45 
 
 
497 aa  288  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.52 
 
 
471 aa  288  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.22 
 
 
476 aa  288  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.46 
 
 
475 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.24 
 
 
473 aa  286  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.09 
 
 
482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.88 
 
 
499 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.35 
 
 
483 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.27 
 
 
499 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.39 
 
 
470 aa  284  3.0000000000000004e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.37 
 
 
487 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.27 
 
 
475 aa  283  4.0000000000000003e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.76 
 
 
479 aa  282  8.000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.54 
 
 
479 aa  282  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.88 
 
 
477 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.45 
 
 
505 aa  282  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.22 
 
 
470 aa  281  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  35.69 
 
 
479 aa  281  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.02 
 
 
482 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.31 
 
 
488 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.65 
 
 
475 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.7 
 
 
487 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.31 
 
 
478 aa  280  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.73 
 
 
482 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.74 
 
 
505 aa  280  6e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.4 
 
 
500 aa  279  7e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.88 
 
 
476 aa  278  1e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.93 
 
 
478 aa  279  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.48 
 
 
480 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>