More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2580 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  690    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  89.09 
 
 		 335 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  79.07 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  77.74 
 
 		 300 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  77.41 
 
 		 300 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  288  9e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 300 aa  286  4e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 302 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 303 aa  263  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.9 
 
 		 306 aa  260  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  45.12 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 332 aa  255  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  48.44 
 
 		 314 aa  252  7e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 325 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 305 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 326 aa  246  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  43.33 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  43.33 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 312 aa  238  9e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  43.18 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.51 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  43.51 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 309 aa  237  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 309 aa  237  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 316 aa  237  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 309 aa  237  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  41.46 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  39.86 
 
 		 297 aa  229  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4047  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.900544  normal  0.0449817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 317 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  42.46 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  42.46 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  42.46 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  42.46 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  42.46 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.57 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 297 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  38.36 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  41.02 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>