More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2525 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 516 aa  1068    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  54.07 
 
 		 518 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  52.91 
 
 		 518 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  50.68 
 
 		 515 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  55.93 
 
 		 502 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  54.37 
 
 		 514 aa  536  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  52.61 
 
 		 518 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  51.26 
 
 		 518 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  52.22 
 
 		 518 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  50.86 
 
 		 520 aa  516  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  52.51 
 
 		 515 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  52.51 
 
 		 515 aa  513  1e-144  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  50.19 
 
 		 524 aa  503  1e-141  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  49.23 
 
 		 520 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  48.08 
 
 		 520 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  47.97 
 
 		 518 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  47.58 
 
 		 519 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  42.94 
 
 		 500 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  42.94 
 
 		 520 aa  376  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  41.59 
 
 		 520 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  41.45 
 
 		 523 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  42.46 
 
 		 502 aa  363  6e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  41.45 
 
 		 503 aa  362  1e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  40.82 
 
 		 525 aa  356  5e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.03 
 
 		 556 aa  355  1e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.03 
 
 		 556 aa  355  1e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.03 
 
 		 556 aa  355  1e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  41.65 
 
 		 532 aa  353  5e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  37.89 
 
 		 509 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 		 526 aa  348  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 		 527 aa  346  7e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  41.15 
 
 		 540 aa  342  7e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  40.27 
 
 		 1043 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 526 aa  340  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.08 
 
 		 525 aa  339  8e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 		 512 aa  336  7e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.55 
 
 		 525 aa  333  6e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.73 
 
 		 579 aa  332  7.000000000000001e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.98 
 
 		 526 aa  331  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.45 
 
 		 519 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 511 aa  330  3e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 		 521 aa  330  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.04 
 
 		 570 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.07 
 
 		 525 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 509 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.78 
 
 		 525 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.97 
 
 		 529 aa  325  1e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 		 527 aa  324  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  39.35 
 
 		 553 aa  322  9.999999999999999e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 530 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.65 
 
 		 554 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 		 522 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 		 517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 530 aa  320  3e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 525 aa  320  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 511 aa  320  3e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.81 
 
 		 525 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  39.73 
 
 		 534 aa  320  5e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 517 aa  318  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 		 520 aa  317  5e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 520 aa  316  6e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 551 aa  316  7e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 514 aa  315  9e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 530 aa  315  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 518 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  38.22 
 
 		 529 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.62 
 
 		 517 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.62 
 
 		 517 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.62 
 
 		 517 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  38.03 
 
 		 520 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.16 
 
 		 526 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.09 
 
 		 516 aa  313  5.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 531 aa  312  7.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 499 aa  312  9e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 541 aa  312  1e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 		 508 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 		 521 aa  312  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  35.91 
 
 		 522 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 		 509 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 534 aa  310  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 518 aa  309  9e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  36.58 
 
 		 520 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.69 
 
 		 519 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.7 
 
 		 533 aa  308  1.0000000000000001e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 534 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 537 aa  307  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 537 aa  307  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 537 aa  307  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 509 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 534 aa  306  4.0000000000000004e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  38.85 
 
 		 522 aa  306  8.000000000000001e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  38.85 
 
 		 522 aa  306  8.000000000000001e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  37.83 
 
 		 516 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.7 
 
 		 513 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 495 aa  304  3.0000000000000004e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  39.25 
 
 		 501 aa  304  3.0000000000000004e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.09 
 
 		 512 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.97 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>