More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2520 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 280 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  71.31 
 
 		 260 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  56.96 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  56.96 
 
 		 296 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  57.01 
 
 		 285 aa  242  5e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  45.9 
 
 		 279 aa  209  6e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  48.47 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  48.47 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3427  Lytic transglycosylase catalytic  48.82 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  44.91 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  47.16 
 
 		 281 aa  188  9e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  45.25 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  39.38 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  40.48 
 
 		 204 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  39.91 
 
 		 204 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  40.58 
 
 		 203 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  39.11 
 
 		 204 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  57.46 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  55.4 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  51.82 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  39.17 
 
 		 212 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  38.57 
 
 		 198 aa  132  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 		 215 aa  132  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  40.09 
 
 		 206 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  39.21 
 
 		 218 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  36.41 
 
 		 212 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  34.08 
 
 		 188 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  48.87 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  34.72 
 
 		 214 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  35.24 
 
 		 221 aa  118  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  41.67 
 
 		 189 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  47.66 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  34.8 
 
 		 211 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  50 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  37.56 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4513  Lytic transglycosylase catalytic  32.68 
 
 		 230 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.141969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  49.59 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  37.09 
 
 		 209 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  38.01 
 
 		 202 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  46.88 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  45.04 
 
 		 203 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  44.03 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  35.85 
 
 		 209 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  43.28 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  45.86 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  45.04 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  44.27 
 
 		 218 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  44.27 
 
 		 197 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  46.46 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  35.45 
 
 		 209 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  45.04 
 
 		 224 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  47.54 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  46.21 
 
 		 244 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  47.54 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  46.67 
 
 		 201 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  34.15 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  47.58 
 
 		 155 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 		 199 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  46.92 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  52.5 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  49.23 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  34.96 
 
 		 195 aa  103  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  43.26 
 
 		 200 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  40.12 
 
 		 194 aa  102  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0307  lytic transglycosylase, catalytic  45.38 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  48.46 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1133  lytic transglycosylase catalytic  47.41 
 
 		 282 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  41.67 
 
 		 217 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  48.46 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  40.29 
 
 		 206 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0512  Lytic transglycosylase catalytic  47.15 
 
 		 154 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.318275 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4351  lytic transglycosylase catalytic  47.2 
 
 		 194 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  38.67 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000100876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  39.42 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  41.35 
 
 		 191 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  32.69 
 
 		 239 aa  99.8  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  46.51 
 
 		 237 aa  99.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  32.69 
 
 		 239 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  32.69 
 
 		 239 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  45.16 
 
 		 328 aa  99  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  43.09 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3765  lytic transglycosylase, catalytic  37.43 
 
 		 326 aa  98.2  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  32.34 
 
 		 217 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  42.03 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  33.66 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  41.22 
 
 		 197 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  41.35 
 
 		 146 aa  97.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  44.88 
 
 		 217 aa  97.1  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  34.43 
 
 		 242 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  43.51 
 
 		 251 aa  97.1  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  33.17 
 
 		 251 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  30.87 
 
 		 199 aa  96.3  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  33.17 
 
 		 251 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  33.17 
 
 		 251 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  41.35 
 
 		 239 aa  95.9  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  34.01 
 
 		 249 aa  95.9  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>