90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2378 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  100 
 
 		 282 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  50.97 
 
 		 352 aa  276  3e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  51.7 
 
 		 313 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  50.57 
 
 		 327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  50.94 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  49.44 
 
 		 317 aa  261  6e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  48.15 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  47.1 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  46.74 
 
 		 304 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  47.04 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  46.74 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  43.48 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  50.18 
 
 		 343 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  47.43 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  43.37 
 
 		 355 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  43.59 
 
 		 351 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  43.71 
 
 		 351 aa  248  8e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  42.9 
 
 		 352 aa  247  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 355 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  43.08 
 
 		 351 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  42.52 
 
 		 355 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  42.19 
 
 		 355 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  42.16 
 
 		 352 aa  242  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  42.47 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  43.18 
 
 		 372 aa  239  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  41.75 
 
 		 350 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  40.72 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  43.48 
 
 		 337 aa  208  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  41.56 
 
 		 272 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  37.25 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  37.25 
 
 		 357 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  35.68 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  37.6 
 
 		 331 aa  166  5e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  38.86 
 
 		 327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  37.25 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  40.44 
 
 		 669 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  37.7 
 
 		 675 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  37.99 
 
 		 327 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  37.66 
 
 		 675 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.6 
 
 		 689 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  39.26 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  37.08 
 
 		 712 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  37.39 
 
 		 329 aa  155  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  37.87 
 
 		 708 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 691 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  37.71 
 
 		 698 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  37.04 
 
 		 361 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  37.34 
 
 		 728 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  34.39 
 
 		 333 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.6 
 
 		 699 aa  148  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  38.53 
 
 		 721 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  38.53 
 
 		 694 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  36.48 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.61 
 
 		 726 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  35.71 
 
 		 721 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  35.96 
 
 		 773 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  35.51 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  33.06 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  33.2 
 
 		 315 aa  132  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  34.27 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  36.68 
 
 		 407 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  36.24 
 
 		 407 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  36.82 
 
 		 343 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  32.54 
 
 		 347 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  34.22 
 
 		 671 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  32.52 
 
 		 343 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  30.29 
 
 		 363 aa  99.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 139 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  26.97 
 
 		 347 aa  95.9  7e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  26.97 
 
 		 347 aa  95.9  7e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  26.97 
 
 		 347 aa  95.5  9e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  46.32 
 
 		 130 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  48.1 
 
 		 125 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  32.09 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  34.83 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  38.98 
 
 		 79 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0307  putative cytochrome c  32.94 
 
 		 410 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0124667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  29.14 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  31.82 
 
 		 276 aa  47.4  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  31.46 
 
 		 286 aa  47  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  30.3 
 
 		 311 aa  46.6  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  30.77 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  31.82 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  30.34 
 
 		 286 aa  43.9  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  32.12 
 
 		 678 aa  43.9  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  23.53 
 
 		 145 aa  43.9  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  30.11 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.09 
 
 		 281 aa  42.7  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  30.43 
 
 		 275 aa  42.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>