29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2340 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2340  hypothetical protein  100 
 
 
300 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000000406719  unclonable  0.000000155562 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1270  hypothetical protein  99 
 
 
300 aa  615  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1829  hypothetical protein  75.67 
 
 
298 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.660383  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5161  hypothetical protein  70.76 
 
 
301 aa  437  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0502601  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6926  DNA polymerase beta domain protein region  43.48 
 
 
293 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000143596  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1233  hypothetical protein  24.18 
 
 
283 aa  79  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1739  hypothetical protein  30.94 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.878952  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3227  hypothetical protein  24.84 
 
 
490 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.999144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0665  hypothetical protein  24.83 
 
 
291 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7308  hypothetical protein  26 
 
 
288 aa  68.9  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000749019  hitchhiker  0.0000983885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1515  hypothetical protein  23.73 
 
 
293 aa  68.9  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.107108  hitchhiker  0.0038288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0384  hypothetical protein  23.1 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.288726 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0945  hypothetical protein  22.44 
 
 
423 aa  64.3  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000523813  n/a   
 
 
 
NC_007777  Francci3_4359  hypothetical protein  27.04 
 
 
365 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0687672  normal  0.636465 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_50  hypothetical protein  23.72 
 
 
424 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00190835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2372  hypothetical protein  23.86 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6748  DNA polymerase, beta-like region  24.56 
 
 
321 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0126  hypothetical protein  21.57 
 
 
321 aa  52.8  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0222  hypothetical protein  25.57 
 
 
363 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1036  hypothetical protein  23.25 
 
 
294 aa  50.4  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1832  hypothetical protein  24.07 
 
 
442 aa  48.5  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.539757  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2084  hypothetical protein  22.01 
 
 
434 aa  48.5  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0757382  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2822  hypothetical protein  24.01 
 
 
449 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.816333  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1034  hypothetical protein  23.22 
 
 
292 aa  47.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4404  DNA polymerase, beta-like region  24.56 
 
 
321 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1969  hypothetical protein  23.68 
 
 
316 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403251  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0752  hypothetical protein  22.22 
 
 
428 aa  46.2  0.0006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000194226 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4493  DNA polymerase, beta-like region  25 
 
 
321 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.521914  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2015  hypothetical protein  22.52 
 
 
299 aa  42.7  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>