More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2284 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  609  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.33 
 
 		 303 aa  501  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  53.69 
 
 		 311 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 308 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  51.67 
 
 		 306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.28 
 
 		 292 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.1 
 
 		 286 aa  248  9e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.52 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.93 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.93 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.21 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.93 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  47.78 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 308 aa  242  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.36 
 
 		 287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.52 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.33 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 268 aa  223  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.83 
 
 		 268 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 325 aa  223  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.98 
 
 		 347 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 317 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.47 
 
 		 317 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  40.68 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  36.82 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  36.12 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  39.93 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  36.61 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  41.04 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  34.32 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2131  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.35 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  34.64 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  29.49 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1031  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 341 aa  142  6e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>