More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2208 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  100 
 
 
145 aa  300  3e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  86.01 
 
 
145 aa  258  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  82.14 
 
 
151 aa  249  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  81.43 
 
 
148 aa  246  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  81.43 
 
 
148 aa  246  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  74.83 
 
 
152 aa  229  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  76.81 
 
 
160 aa  224  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  74.29 
 
 
148 aa  219  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  74.29 
 
 
148 aa  219  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  72.73 
 
 
148 aa  219  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  73.76 
 
 
161 aa  219  1e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  73.43 
 
 
146 aa  219  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  72.86 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  72.73 
 
 
148 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  215  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  215  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  215  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  215  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  71.03 
 
 
148 aa  214  3e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  72.54 
 
 
148 aa  213  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  70.63 
 
 
150 aa  213  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  72.14 
 
 
170 aa  213  5e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  71.63 
 
 
147 aa  213  6e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.65419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  213  6e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  73.57 
 
 
147 aa  213  6e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  71.13 
 
 
148 aa  212  1e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  72.66 
 
 
159 aa  211  2e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  67.13 
 
 
162 aa  211  3e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  71.13 
 
 
148 aa  210  4e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  69.72 
 
 
155 aa  210  6e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  68.31 
 
 
148 aa  208  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  70 
 
 
151 aa  208  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  69.29 
 
 
154 aa  208  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  70 
 
 
151 aa  208  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  70.21 
 
 
154 aa  208  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  68.31 
 
 
148 aa  208  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  70 
 
 
154 aa  208  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  70.42 
 
 
149 aa  207  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  67.38 
 
 
154 aa  207  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  70.8 
 
 
148 aa  206  6e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  70 
 
 
148 aa  206  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  70 
 
 
152 aa  206  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  69.72 
 
 
149 aa  206  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  69.29 
 
 
154 aa  206  9e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  69.06 
 
 
155 aa  206  9e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  69.29 
 
 
154 aa  206  9e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  67.83 
 
 
153 aa  204  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  65.49 
 
 
175 aa  204  2e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  68.57 
 
 
151 aa  204  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  67.14 
 
 
153 aa  205  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  68.57 
 
 
150 aa  204  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  67.86 
 
 
148 aa  204  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  67.86 
 
 
148 aa  204  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  67.86 
 
 
148 aa  204  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  66.43 
 
 
153 aa  204  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  68.57 
 
 
154 aa  203  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  68.57 
 
 
150 aa  203  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  63.64 
 
 
151 aa  202  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  67.38 
 
 
150 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  69.34 
 
 
161 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  69.01 
 
 
149 aa  202  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  67.39 
 
 
160 aa  202  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  3.16146e-08  unclonable  2.511e-08 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  65 
 
 
149 aa  200  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  66.67 
 
 
151 aa  200  5e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  66.2 
 
 
147 aa  200  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  64.34 
 
 
145 aa  200  6e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  65.28 
 
 
164 aa  199  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  66.43 
 
 
154 aa  200  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  69.34 
 
 
155 aa  199  1e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  66.42 
 
 
153 aa  196  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  62.68 
 
 
150 aa  196  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  64.03 
 
 
147 aa  196  8e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  66.67 
 
 
166 aa  196  1e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  63.04 
 
 
154 aa  194  4e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  65.22 
 
 
156 aa  194  4e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  64.23 
 
 
143 aa  194  4e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  64.23 
 
 
146 aa  193  5e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  65.94 
 
 
142 aa  193  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  61.27 
 
 
153 aa  193  8e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  61.43 
 
 
155 aa  193  8e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  63.04 
 
 
141 aa  192  9e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  64.79 
 
 
149 aa  192  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  63.31 
 
 
163 aa  191  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  66.42 
 
 
146 aa  191  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  63.77 
 
 
150 aa  190  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  63.57 
 
 
157 aa  189  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  59.71 
 
 
173 aa  187  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.49307e-05  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  59.86 
 
 
143 aa  186  7e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  58.67 
 
 
157 aa  186  8e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  59.86 
 
 
143 aa  186  9e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  58.78 
 
 
155 aa  186  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  60.99 
 
 
154 aa  186  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  60.99 
 
 
154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  60.99 
 
 
154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  63.97 
 
 
155 aa  185  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>