More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2205 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  69.39 
 
 
516 aa  675    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  74.52 
 
 
557 aa  851    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
570 aa  1166    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  70.32 
 
 
516 aa  676    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  69.56 
 
 
451 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  60.09 
 
 
525 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  53.55 
 
 
564 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  52.83 
 
 
564 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  57.12 
 
 
525 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  57.12 
 
 
525 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  59.83 
 
 
561 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  60.52 
 
 
528 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  65.04 
 
 
552 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  65.04 
 
 
530 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  65.53 
 
 
531 aa  570  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  65.04 
 
 
530 aa  569  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  59.87 
 
 
529 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  64.79 
 
 
530 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  64.79 
 
 
530 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  60.09 
 
 
524 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  64.79 
 
 
530 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  64.79 
 
 
553 aa  567  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  60.09 
 
 
529 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  58.58 
 
 
547 aa  512  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  53.73 
 
 
578 aa  497  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  55.24 
 
 
524 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  51.72 
 
 
538 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  53.36 
 
 
515 aa  491  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  51.39 
 
 
504 aa  491  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  53.26 
 
 
511 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  50.6 
 
 
504 aa  485  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  58.04 
 
 
467 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  50.09 
 
 
509 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  57.07 
 
 
514 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  54.26 
 
 
477 aa  448  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  51.28 
 
 
512 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  46.3 
 
 
518 aa  375  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  51.41 
 
 
458 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  44.39 
 
 
501 aa  320  6e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.42 
 
 
530 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  40.04 
 
 
534 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  40.39 
 
 
543 aa  303  7.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.56 
 
 
534 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  43.61 
 
 
498 aa  300  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  42.04 
 
 
580 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.58 
 
 
515 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  41.29 
 
 
556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  38.42 
 
 
548 aa  284  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  41.15 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  38.49 
 
 
492 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.94 
 
 
554 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  39.47 
 
 
539 aa  280  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  40.29 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  40.14 
 
 
476 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  39.95 
 
 
476 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  38.53 
 
 
446 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.56 
 
 
552 aa  266  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.8 
 
 
532 aa  263  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  33.67 
 
 
485 aa  261  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  34.48 
 
 
519 aa  257  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  37.12 
 
 
515 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  37.12 
 
 
515 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  37.12 
 
 
515 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  35.97 
 
 
511 aa  252  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.44 
 
 
459 aa  252  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  36.87 
 
 
519 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.44 
 
 
472 aa  252  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  37.66 
 
 
445 aa  252  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  39.07 
 
 
550 aa  251  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  35.94 
 
 
553 aa  250  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.12 
 
 
474 aa  250  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  36.88 
 
 
515 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  36.88 
 
 
515 aa  249  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  34.88 
 
 
479 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  34.16 
 
 
479 aa  248  3e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.42 
 
 
455 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  32.17 
 
 
527 aa  248  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  36.87 
 
 
515 aa  247  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  36.88 
 
 
515 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  43.59 
 
 
1001 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  43.59 
 
 
1021 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  36.87 
 
 
514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.68 
 
 
406 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  35.7 
 
 
519 aa  243  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.96 
 
 
406 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.15 
 
 
455 aa  242  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  39.33 
 
 
1079 aa  242  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.96 
 
 
406 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  32.71 
 
 
517 aa  242  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.96 
 
 
406 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  35.14 
 
 
518 aa  241  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  36.91 
 
 
517 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  32.29 
 
 
524 aa  242  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.59 
 
 
452 aa  239  8e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.59 
 
 
452 aa  239  8e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.84 
 
 
406 aa  239  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.59 
 
 
452 aa  239  8e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  35.59 
 
 
452 aa  239  8e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.59 
 
 
452 aa  239  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.84 
 
 
406 aa  239  8e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>