More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2131 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  36.29 
 
 
1173 aa  660  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  55.98 
 
 
1173 aa  1166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  56.91 
 
 
1173 aa  1192  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  74.36 
 
 
1197 aa  1685  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  56.37 
 
 
1177 aa  1164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  100 
 
 
1187 aa  2359  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  37.32 
 
 
1185 aa  670  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.22 
 
 
1089 aa  541  1e-152  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  34.09 
 
 
1087 aa  448  1e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.53 
 
 
1086 aa  443  1e-122  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  34.38 
 
 
1147 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  33.61 
 
 
1095 aa  430  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  35.66 
 
 
1103 aa  406  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  35.26 
 
 
1168 aa  402  1e-110  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  36.19 
 
 
1101 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  36.19 
 
 
1101 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  33.66 
 
 
1165 aa  382  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  35.37 
 
 
1140 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  27.33 
 
 
1180 aa  240  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  27.08 
 
 
1180 aa  240  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  28.28 
 
 
1164 aa  239  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  29.14 
 
 
1182 aa  231  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  29.34 
 
 
1189 aa  229  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  27.94 
 
 
1156 aa  228  5e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  28.95 
 
 
1187 aa  227  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  24.13 
 
 
1089 aa  226  2e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  28.14 
 
 
1161 aa  226  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.63 
 
 
1155 aa  226  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  27.52 
 
 
1180 aa  224  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  29.06 
 
 
1183 aa  223  2e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  28.63 
 
 
1124 aa  222  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.66 
 
 
1156 aa  222  4e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 
1161 aa  221  7e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 
1159 aa  219  3e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 
1121 aa  216  3e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 
1161 aa  215  4e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.98 
 
 
1125 aa  213  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  27.17 
 
 
1162 aa  213  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  29.62 
 
 
1183 aa  212  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.15 
 
 
1177 aa  212  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 
1164 aa  211  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  29.35 
 
 
1106 aa  201  8e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.47 
 
 
1119 aa  199  2e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.52 
 
 
1183 aa  194  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  29.3 
 
 
1106 aa  192  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 
1080 aa  190  1e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  27.72 
 
 
1202 aa  189  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  29.17 
 
 
1147 aa  187  1e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  22.75 
 
 
854 aa  181  6e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  28.74 
 
 
1157 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 
1110 aa  167  2e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.38 
 
 
1057 aa  166  3e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  31.6 
 
 
1184 aa  163  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 
1146 aa  161  7e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  28.9 
 
 
1157 aa  157  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  24.26 
 
 
1076 aa  156  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 
1162 aa  154  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.47 
 
 
1271 aa  152  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  23.39 
 
 
1270 aa  151  9e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.22 
 
 
1251 aa  149  4e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.36 
 
 
1230 aa  147  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  23.63 
 
 
1110 aa  144  9e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.03 
 
 
1135 aa  143  2e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  23.62 
 
 
1110 aa  142  4e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.12 
 
 
1149 aa  139  5e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 
1166 aa  137  1e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.72 
 
 
1217 aa  135  5e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  31.15 
 
 
1165 aa  135  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.59 
 
 
1241 aa  135  7e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.07 
 
 
1240 aa  134  1e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.59 
 
 
1241 aa  134  1e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.59 
 
 
1241 aa  134  1e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  28.68 
 
 
1185 aa  134  1e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.66 
 
 
1186 aa  134  1e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.75 
 
 
1241 aa  133  2e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.48 
 
 
1392 aa  133  2e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.71 
 
 
1241 aa  132  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 
1107 aa  132  4e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.43 
 
 
1241 aa  132  4e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.43 
 
 
1241 aa  132  5e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.4 
 
 
1241 aa  131  7e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  28.47 
 
 
1392 aa  130  2e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.43 
 
 
1241 aa  130  2e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 
1117 aa  130  2e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.4 
 
 
1244 aa  129  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.18 
 
 
860 aa  129  4e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.34 
 
 
1157 aa  128  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  24.87 
 
 
1282 aa  126  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.32 
 
 
1230 aa  125  6e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.79 
 
 
1244 aa  124  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  24.16 
 
 
1217 aa  122  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.65 
 
 
1248 aa  123  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  24.16 
 
 
1217 aa  122  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  28.34 
 
 
1120 aa  122  4e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 
1115 aa  121  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  32.17 
 
 
1196 aa  120  2e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.73 
 
 
1131 aa  120  2e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.53 
 
 
1242 aa  119  4e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  28.45 
 
 
1240 aa  119  4e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25 
 
 
1207 aa  118  7e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>