More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2122 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  93.08 
 
 
347 aa  643    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
347 aa  708    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  83.7 
 
 
349 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  83.7 
 
 
349 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  83.65 
 
 
349 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  68.91 
 
 
340 aa  485  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  68.44 
 
 
349 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  64.04 
 
 
344 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  72.61 
 
 
345 aa  455  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.47 
 
 
345 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  71.07 
 
 
345 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  60.38 
 
 
348 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  56.4 
 
 
371 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  55.85 
 
 
344 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  51.88 
 
 
346 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.04 
 
 
346 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  56.59 
 
 
338 aa  339  4e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  49.41 
 
 
353 aa  339  4e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  47.1 
 
 
361 aa  328  8e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  45.37 
 
 
355 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  46.33 
 
 
346 aa  299  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  45.07 
 
 
332 aa  298  7e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  46.04 
 
 
346 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  47.9 
 
 
332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  46.95 
 
 
332 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  45.78 
 
 
342 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 
341 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  42.69 
 
 
340 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 
341 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  42.77 
 
 
340 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  40.97 
 
 
333 aa  248  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  43.37 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  40.06 
 
 
334 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  40.06 
 
 
334 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  41.45 
 
 
337 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.79 
 
 
337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  39.34 
 
 
303 aa  226  6e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  39.22 
 
 
348 aa  225  7e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  38.89 
 
 
336 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  38.89 
 
 
336 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  36.48 
 
 
328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  34.35 
 
 
349 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  33.74 
 
 
349 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  36.57 
 
 
356 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.15 
 
 
345 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.39 
 
 
332 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  35.67 
 
 
364 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  36.23 
 
 
337 aa  215  7e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  35.93 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  35.93 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  35.97 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.96 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  35.93 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  35.93 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  35.93 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  36.47 
 
 
337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.89 
 
 
334 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.05 
 
 
336 aa  212  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.97 
 
 
339 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.92 
 
 
334 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.28 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.6 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.6 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.28 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  30.57 
 
 
376 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  26.48 
 
 
391 aa  110  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  28.24 
 
 
336 aa  90.5  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  26.96 
 
 
336 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  27.61 
 
 
340 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  27.14 
 
 
337 aa  87.4  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.05 
 
 
322 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  26.73 
 
 
340 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.8 
 
 
319 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2963  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  26.73 
 
 
341 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0954314  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.21 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.48 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2782  ABC transporter substrate-binding protein  26.88 
 
 
332 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2622  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.72 
 
 
341 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000404129  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  25.73 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2641  alkanesulfonates-binding protein  26.42 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.245447  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.91 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2920  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  26.32 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10374e-18 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  31.32 
 
 
314 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  29.6 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  29.02 
 
 
460 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  26.73 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.76 
 
 
334 aa  73.6  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  26.42 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4900  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.55 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.25 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.25 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2713  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  26.69 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.38086  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  34.81 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4613  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.01 
 
 
335 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2921  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  26.69 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4675  ABC transporter substrate-binding protein  22.85 
 
 
338 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4533  ABC transporter, substrate-binding protein  24.19 
 
 
335 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  30.13 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5419  NMT1/THI5 like domain protein  27.1 
 
 
345 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4901  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.64 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>