More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2002 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  100 
 
 		 188 aa  381  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  57.05 
 
 		 429 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  56.76 
 
 		 421 aa  166  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  51.55 
 
 		 412 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  51.68 
 
 		 404 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  46.3 
 
 		 401 aa  148  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  42.24 
 
 		 367 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  39.61 
 
 		 444 aa  114  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  45.62 
 
 		 275 aa  112  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  37.5 
 
 		 437 aa  106  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  41.1 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  37.75 
 
 		 353 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  39.86 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  36.17 
 
 		 251 aa  98.6  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  39.73 
 
 		 359 aa  98.2  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  41.1 
 
 		 397 aa  97.1  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  36.72 
 
 		 349 aa  96.7  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  41.38 
 
 		 369 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  41.38 
 
 		 369 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  41.38 
 
 		 369 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  41.38 
 
 		 369 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  36.18 
 
 		 451 aa  91.3  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  29.89 
 
 		 513 aa  91.3  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  38.67 
 
 		 369 aa  89  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  37.27 
 
 		 387 aa  88.6  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  38.85 
 
 		 354 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  38.85 
 
 		 354 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  35.8 
 
 		 386 aa  87.8  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  38.46 
 
 		 276 aa  87.8  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  35.03 
 
 		 324 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  33.76 
 
 		 387 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  37.74 
 
 		 400 aa  85.9  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  37.84 
 
 		 384 aa  85.9  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  37.16 
 
 		 387 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  38 
 
 		 338 aa  85.1  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  37.16 
 
 		 387 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  33.75 
 
 		 407 aa  84.7  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  36.02 
 
 		 387 aa  84.7  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  36.31 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  35.03 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  38.69 
 
 		 381 aa  82  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  35.42 
 
 		 392 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  35.62 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  35.51 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0526  phage integrase family protein  39.23 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0707528  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  73.47 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  32.41 
 
 		 354 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  27.47 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  34.32 
 
 		 378 aa  78.2  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  32.54 
 
 		 387 aa  78.6  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  29.67 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  34.76 
 
 		 400 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  36.73 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  34.69 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  31.82 
 
 		 378 aa  76.3  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  29.67 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  32 
 
 		 402 aa  75.9  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  35.19 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.27 
 
 		 305 aa  75.1  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1360  integrase/recombinase  29.61 
 
 		 306 aa  75.1  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6099899999999998e-31 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  34.83 
 
 		 379 aa  74.7  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3701  integrase family protein  32.35 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  33.53 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  33.71 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  31.03 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  30.54 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.27 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  32.3 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  37.14 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  33.8 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  30.86 
 
 		 398 aa  72.8  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  35.07 
 
 		 222 aa  72  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  35.62 
 
 		 298 aa  72  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  32.91 
 
 		 363 aa  71.6  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  34.97 
 
 		 320 aa  71.6  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  30.17 
 
 		 390 aa  71.6  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  30.6 
 
 		 338 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  33.8 
 
 		 310 aa  71.2  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  33.56 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 372 aa  70.5  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1637  integrase  32.93 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  29.86 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  30.28 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  33.11 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  34.51 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3904  phage integrase family site specific recombinase  47.5 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.908319  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  31.72 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  30.06 
 
 		 381 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  33.55 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  35.62 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  36.57 
 
 		 415 aa  69.3  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  34.69 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 310 aa  68.6  0.00000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  34.69 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  32.21 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.48 
 
 		 315 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>