104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1985 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2143  hypothetical protein  57.37 
 
 		 562 aa  674    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1985  YidE/YbjL duplication  100 
 
 		 561 aa  1115    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0595755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1586  YidE/YbjL duplication  60.25 
 
 		 563 aa  704    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3938  YidE/YbjL duplication  44.23 
 
 		 559 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3841  YidE/YbjL duplication  42 
 
 		 565 aa  388  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.660519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3045  YidE/YbjL duplication  34.7 
 
 		 560 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3482  YidE/YbjL duplication  34.51 
 
 		 563 aa  286  9e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2707  YidE/YbjL duplication  34.7 
 
 		 564 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3892  aspartate/alanine exchanger family protein  35.34 
 
 		 560 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0096  YidE/YbjL duplication  35.8 
 
 		 561 aa  278  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0519277  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3913  YidE/YbjL domain-containing protein  35.47 
 
 		 589 aa  276  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0230126  normal  0.101846 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0788  YidE/YbjL duplication  33.57 
 
 		 560 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.442707 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0789  YidE/YbjL duplication  35.34 
 
 		 560 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.437636 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2708  YidE/YbjL duplication  35.23 
 
 		 561 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03065  hypothetical protein  31.1 
 
 		 575 aa  266  7e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3893  aspartate/alanine exchanger family protein  34.1 
 
 		 560 aa  263  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0919  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  260  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00852  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2795  YidE/YbjL duplication  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0950  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2749  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00537739 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0874  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.938397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2485  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1001  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588292  normal  0.272604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00858  hypothetical protein  31.69 
 
 		 561 aa  259  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0943  hypothetical protein  32.55 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1004  hypothetical protein  32.55 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1023  hypothetical protein  32.55 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0907  hypothetical protein  32.55 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0975  hypothetical protein  32.36 
 
 		 561 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3839  YidE/YbjL duplication  30.85 
 
 		 562 aa  256  8e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.493509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1362  hypothetical protein  32.36 
 
 		 561 aa  253  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2649  hypothetical protein  31.64 
 
 		 562 aa  251  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1559  hypothetical protein  31.64 
 
 		 562 aa  251  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2734  hypothetical protein  31.64 
 
 		 562 aa  251  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1639  hypothetical protein  31.43 
 
 		 562 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4738  YidE/YbjL duplication  31.01 
 
 		 581 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1851  YidE/YbjL duplication  31.79 
 
 		 561 aa  241  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0417927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1686  hypothetical protein  30.78 
 
 		 562 aa  239  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0560693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1952  hypothetical protein  30.24 
 
 		 562 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00456321  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0715  hypothetical protein  29.61 
 
 		 558 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02636  hypothetical protein  29.96 
 
 		 560 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2029  hypothetical protein  29.7 
 
 		 560 aa  234  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0129834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2393  hypothetical protein  31.58 
 
 		 562 aa  231  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4847  putative transporter  30.51 
 
 		 567 aa  229  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0674099  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1198  probable membrane permease  30.92 
 
 		 625 aa  229  9e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2293  hypothetical protein  30.74 
 
 		 562 aa  226  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2952  YidE/YbjL duplication  28.57 
 
 		 579 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003763  TrkA Potassium channel-family protein  29.42 
 
 		 511 aa  212  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000044665  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0281  YidE/YbjL duplication  25.57 
 
 		 549 aa  171  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00426862  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0870  YidE/YbjL duplication  26.61 
 
 		 534 aa  146  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1568  YidE/YbjL duplication  26.23 
 
 		 559 aa  143  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0856  YidE/YbjL duplication  25 
 
 		 537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.682157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0018  YidE/YbjL duplication  23.15 
 
 		 529 aa  136  9e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0175151  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2711  YidE/YbjL duplication  26.09 
 
 		 549 aa  133  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0607  YidE/YbjL duplication  25.55 
 
 		 541 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.617712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1965  YidE/YbjL duplication  26.83 
 
 		 549 aa  129  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.103303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1016  Trk family potassium uptake protein  26.84 
 
 		 546 aa  126  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4089  hypothetical protein  24.35 
 
 		 553 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4017  hypothetical protein  24.35 
 
 		 553 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.837569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4138  hypothetical protein  24.35 
 
 		 553 aa  123  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4034  hypothetical protein  24.35 
 
 		 553 aa  123  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4196  hypothetical protein  24.35 
 
 		 553 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3636  YidE/YbjL duplication  26.56 
 
 		 546 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000380153  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0015  hypothetical protein  24.21 
 
 		 553 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2318  YidE/YbjL like transporter  25.89 
 
 		 544 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2351  YidE/YbjL duplication  24.77 
 
 		 531 aa  113  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000718232  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0891  YidE/YbjL duplication  26.41 
 
 		 533 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1280  YidE/YbjL duplication  25.49 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0037  YidE/YbjL duplication  25.31 
 
 		 531 aa  108  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1552  YidE/YbjL duplication  26.27 
 
 		 544 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4141  hypothetical protein  25.16 
 
 		 552 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0013  hypothetical protein  25.16 
 
 		 552 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3793  hypothetical protein  25.16 
 
 		 552 aa  106  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.212534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0050  hypothetical protein  25.74 
 
 		 552 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.259185 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5115  hypothetical protein  23.03 
 
 		 561 aa  104  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.44003 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0036  hypothetical protein  23.55 
 
 		 552 aa  104  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03568  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3896  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4048  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.926821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03512  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4236  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0019  YidE/YbjL duplication  23.03 
 
 		 553 aa  103  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4191  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0018  hypothetical protein  23.03 
 
 		 553 aa  103  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1470  hypothetical protein  22.8 
 
 		 552 aa  102  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0186692  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0042  hypothetical protein  23.73 
 
 		 552 aa  101  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1411  hypothetical protein  25.78 
 
 		 561 aa  100  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.540338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2550  TrkA-C:YidE/YbjL duplication  25.8 
 
 		 546 aa  97.8  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000172993  hitchhiker  0.00000000000069423 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1848  YidE/YbjL duplication  23.69 
 
 		 545 aa  97.4  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1476  YidE/YbjL duplication  24.62 
 
 		 530 aa  88.6  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.417423 
 
 
-
 
NC_002950  PG0562  hypothetical protein  24.5 
 
 		 558 aa  85.5  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3797  YidE/YbjL domain-containing protein  44.44 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4141  YidE/YbjL duplication  24.2 
 
 		 530 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3956  YidE/YbjL duplication  23.78 
 
 		 530 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0482  YidE/YbjL duplication  23.28 
 
 		 527 aa  67  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17890  YidE/YbjL duplication  24.38 
 
 		 521 aa  67  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.286246  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0300  YidE/YbjL duplication  31.64 
 
 		 384 aa  59.3  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1872  YidE/YbjL duplication  24.36 
 
 		 376 aa  56.2  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.590768  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1553  YidE/YbjL duplication  23.56 
 
 		 529 aa  53.9  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046185 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>