More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1715 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 375 aa  761    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  78.84 
 
 		 365 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  59.69 
 
 		 343 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 335 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  52.28 
 
 		 366 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 335 aa  354  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  44.51 
 
 		 333 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  45.06 
 
 		 345 aa  288  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 347 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 335 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 358 aa  278  8e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 358 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 358 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 339 aa  272  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 340 aa  269  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 338 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 351 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 363 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 360 aa  219  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  37.85 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.41 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  31.49 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 350 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 347 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.41 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 366 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 		 356 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 		 356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 336 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 362 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  29.39 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  25.87 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  26.19 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2508  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 338 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 342 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 		 343 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.13 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  32.54 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.33 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 344 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 337 aa  106  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 335 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 339 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  28.84 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  25.54 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 346 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 337 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  25.48 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 348 aa  100  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 345 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>