More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1710 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  66.95 
 
 
517 aa  640  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  75.15 
 
 
517 aa  759  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  100 
 
 
519 aa  1054  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  69.11 
 
 
516 aa  664  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  62.45 
 
 
506 aa  612  1e-174  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.72 
 
 
504 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  58.72 
 
 
504 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.23 
 
 
503 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.96 
 
 
504 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.47 
 
 
517 aa  439  1e-122  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.27 
 
 
517 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  42.21 
 
 
569 aa  391  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.71 
 
 
546 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  38.41 
 
 
518 aa  340  3e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.73 
 
 
531 aa  335  9e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.1 
 
 
569 aa  330  5e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  37.87 
 
 
558 aa  327  4e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.24 
 
 
541 aa  325  1e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.71 
 
 
538 aa  305  1e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  33.64 
 
 
547 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.21 
 
 
503 aa  280  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  33.86 
 
 
520 aa  276  5e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  33.66 
 
 
520 aa  275  2e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.61 
 
 
523 aa  254  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.04 
 
 
493 aa  253  7e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.26 
 
 
486 aa  251  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  36.44 
 
 
512 aa  250  4e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  37.01 
 
 
479 aa  244  2e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
526 aa  243  7e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.87 
 
 
497 aa  240  5e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
502 aa  240  6e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.74 
 
 
470 aa  236  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.54 
 
 
494 aa  233  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.98 
 
 
492 aa  230  5e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
491 aa  224  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.6 
 
 
513 aa  223  1e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.58 
 
 
501 aa  220  4e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.2 
 
 
512 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
509 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
489 aa  219  8e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.25 
 
 
532 aa  218  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.85 
 
 
479 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
504 aa  218  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.68 
 
 
483 aa  217  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.09 
 
 
520 aa  216  8e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.79 
 
 
517 aa  214  3e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.66 
 
 
489 aa  214  4e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.84 
 
 
473 aa  213  5e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
482 aa  213  5e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
515 aa  213  6e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.66 
 
 
479 aa  212  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.93 
 
 
500 aa  212  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  33.19 
 
 
479 aa  212  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.98 
 
 
479 aa  210  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
496 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
496 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.33 
 
 
504 aa  208  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
486 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.98 
 
 
465 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
471 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.31 
 
 
471 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.31 
 
 
471 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.55 
 
 
511 aa  205  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.56 
 
 
464 aa  203  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  30.66 
 
 
461 aa  203  7e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  30.45 
 
 
461 aa  203  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.57 
 
 
482 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.46 
 
 
483 aa  202  1e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.49 
 
 
465 aa  201  2e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.8 
 
 
496 aa  202  2e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.54 
 
 
504 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  32.49 
 
 
491 aa  199  8e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.96 
 
 
521 aa  198  2e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.77 
 
 
462 aa  198  2e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.19 
 
 
483 aa  198  2e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  32.12 
 
 
511 aa  198  2e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.82 
 
 
494 aa  198  2e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  1.21747e-09 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  31.13 
 
 
547 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.59 
 
 
481 aa  197  4e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  2.92967e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.76 
 
 
520 aa  196  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
471 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
488 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.57 
 
 
471 aa  195  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.02 
 
 
495 aa  195  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.72 
 
 
518 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.14 
 
 
484 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
495 aa  194  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
489 aa  194  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.62 
 
 
482 aa  193  7e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.96 
 
 
499 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3425  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  30.72 
 
 
461 aa  192  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.08 
 
 
473 aa  192  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.71 
 
 
493 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.87 
 
 
461 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
503 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.05 
 
 
525 aa  191  3e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  31.34 
 
 
460 aa  191  3e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
503 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.48 
 
 
495 aa  191  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.9 
 
 
503 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>