More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1639 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1639  porin  100 
 
 		 367 aa  738    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  52.17 
 
 		 355 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  51.94 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50 
 
 		 355 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50 
 
 		 355 aa  346  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  52.39 
 
 		 374 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  49.46 
 
 		 354 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  48.77 
 
 		 401 aa  329  5.0000000000000004e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  48.19 
 
 		 355 aa  328  9e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  50.99 
 
 		 353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  53.98 
 
 		 368 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  49.33 
 
 		 352 aa  326  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  47.58 
 
 		 386 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  47.31 
 
 		 386 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  47.97 
 
 		 402 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  44.41 
 
 		 371 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  47.21 
 
 		 379 aa  306  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  46.42 
 
 		 352 aa  305  8.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  45 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  44.39 
 
 		 362 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  46.46 
 
 		 356 aa  295  8e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  43.78 
 
 		 383 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  44.39 
 
 		 358 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  44.59 
 
 		 383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  42.03 
 
 		 357 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  44.2 
 
 		 383 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  45.06 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  45.06 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  44.2 
 
 		 383 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  43.24 
 
 		 383 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  43.82 
 
 		 377 aa  275  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  42.82 
 
 		 383 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  43.8 
 
 		 351 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  42.74 
 
 		 353 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  47.74 
 
 		 273 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  39.39 
 
 		 393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  40.54 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.9 
 
 		 389 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  38.62 
 
 		 358 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  39.27 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  38.89 
 
 		 361 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  39.47 
 
 		 367 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  38.54 
 
 		 392 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  38.54 
 
 		 392 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  39.14 
 
 		 388 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  37.6 
 
 		 379 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  38.54 
 
 		 387 aa  222  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  41.18 
 
 		 363 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  38.13 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.58 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  37.5 
 
 		 363 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  37.5 
 
 		 363 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  36.97 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  36.97 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  36.97 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  37.12 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  37.82 
 
 		 392 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  37.16 
 
 		 398 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  36.7 
 
 		 363 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  36.78 
 
 		 391 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.21 
 
 		 365 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  36.69 
 
 		 363 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  36.69 
 
 		 363 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  36.25 
 
 		 387 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  37.3 
 
 		 353 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.43 
 
 		 386 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  36.69 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  36.69 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  37.5 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  38.17 
 
 		 386 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  36.67 
 
 		 378 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.81 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.75 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  37.22 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.34 
 
 		 384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  36.41 
 
 		 382 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  36.15 
 
 		 382 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  35.81 
 
 		 362 aa  182  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4877  hypothetical protein  61.27 
 
 		 234 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00405478  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  35.47 
 
 		 371 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  35.9 
 
 		 379 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.43 
 
 		 350 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  35.68 
 
 		 382 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  33.85 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.34 
 
 		 376 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  35.73 
 
 		 379 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  35.73 
 
 		 379 aa  176  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  35.57 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  34.31 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  34.31 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  34.31 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  34.31 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  34.07 
 
 		 377 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  35.62 
 
 		 382 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  34.07 
 
 		 377 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  35.62 
 
 		 382 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  35.62 
 
 		 382 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  34.07 
 
 		 377 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  36.95 
 
 		 379 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  33.74 
 
 		 378 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>