66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1556 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 461 aa  891    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  90.32 
 
 		 456 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  88.94 
 
 		 460 aa  601  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  81.34 
 
 		 450 aa  598  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  91.76 
 
 		 459 aa  595  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  91.32 
 
 		 459 aa  597  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  80.48 
 
 		 450 aa  585  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  91.54 
 
 		 461 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  86.55 
 
 		 460 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  86.64 
 
 		 457 aa  555  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  86.12 
 
 		 460 aa  548  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  78.52 
 
 		 450 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  82.97 
 
 		 463 aa  548  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  81.56 
 
 		 457 aa  544  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  84.91 
 
 		 464 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  74.89 
 
 		 457 aa  534  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  85.43 
 
 		 457 aa  527  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  74.3 
 
 		 444 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  67.25 
 
 		 387 aa  443  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  62.5 
 
 		 454 aa  360  4e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  50.32 
 
 		 454 aa  353  5e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  48.6 
 
 		 450 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  63.84 
 
 		 414 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  48.18 
 
 		 450 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  49.44 
 
 		 452 aa  332  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  49.68 
 
 		 451 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  60.52 
 
 		 420 aa  323  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  61.3 
 
 		 436 aa  320  3.9999999999999996e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  48.76 
 
 		 450 aa  318  9e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  46.99 
 
 		 450 aa  318  9e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  47.74 
 
 		 449 aa  316  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  48.86 
 
 		 450 aa  317  4e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  46.74 
 
 		 401 aa  316  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  60 
 
 		 440 aa  314  2.9999999999999996e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  60.71 
 
 		 429 aa  313  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.34 
 
 		 387 aa  312  6.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  61.07 
 
 		 407 aa  312  7.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  44.64 
 
 		 468 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  45.23 
 
 		 448 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  49.14 
 
 		 457 aa  310  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  59.27 
 
 		 439 aa  309  9e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  48.08 
 
 		 449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  48.31 
 
 		 453 aa  307  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  48.31 
 
 		 453 aa  307  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  60.3 
 
 		 431 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  58.57 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  59.7 
 
 		 451 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  56.99 
 
 		 407 aa  292  8e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  59.11 
 
 		 461 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  55.22 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  53.43 
 
 		 438 aa  273  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  44.02 
 
 		 449 aa  266  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  36.53 
 
 		 426 aa  170  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  36.13 
 
 		 437 aa  166  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  32.79 
 
 		 391 aa  143  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.6 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  28.31 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.62 
 
 		 409 aa  104  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.98 
 
 		 463 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.79 
 
 		 647 aa  63.5  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  29.46 
 
 		 541 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.64 
 
 		 394 aa  51.2  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  25.86 
 
 		 398 aa  49.7  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  26.64 
 
 		 547 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  25.84 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  20.83 
 
 		 443 aa  44.3  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>