170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1541 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3963  formyl transferase  65.09 
 
 		 558 aa  711    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4101  formyl transferase-like  62.61 
 
 		 565 aa  707    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1541  formyl transferase-like protein  100 
 
 		 579 aa  1175    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00137712  normal  0.223229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2809  putative sensor protein  58.06 
 
 		 591 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2013  formyl transferase domain-containing protein  55.34 
 
 		 575 aa  592  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3348  formyl transferase-like protein  50.61 
 
 		 588 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1957  formyl transferase domain-containing protein  52.72 
 
 		 602 aa  570  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2450  formyl transferase domain-containing protein  54.84 
 
 		 590 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015137 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0525  hydrogenase regulation HoxX  48.31 
 
 		 565 aa  511  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1425  NiFe-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type  39.13 
 
 		 546 aa  427  1e-118  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.494812  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3127  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.31 
 
 		 572 aa  371  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4501  formyl transferase domain-containing protein  37.22 
 
 		 564 aa  328  2.0000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0099906 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00720  conserved hypothetical protein  28.76 
 
 		 955 aa  230  4e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107944  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1208  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.27 
 
 		 286 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.10718 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1209  formyl transferase domain-containing protein  33.69 
 
 		 284 aa  151  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.111228 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  24.14 
 
 		 327 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  26.36 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  24.14 
 
 		 327 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3225  methionyl-tRNA formyltransferase  30.64 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0188786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3920  methionyl-tRNA formyltransferase  28.32 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1655  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.26 
 
 		 255 aa  60.1  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  27.35 
 
 		 315 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  25 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2902  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.67 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.678896  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  25.8 
 
 		 319 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  22.62 
 
 		 311 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0234  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  30.51 
 
 		 691 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3603  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.85 
 
 		 264 aa  55.5  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158658 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0449  methionyl-tRNA formyltransferase  25.82 
 
 		 342 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.353128  normal  0.364478 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2861  enoyl-CoA hydratase  34.97 
 
 		 257 aa  54.3  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.742849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0644  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.33 
 
 		 260 aa  52.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  22.9 
 
 		 317 aa  52  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1114  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.52 
 
 		 258 aa  52  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.258792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  25.93 
 
 		 316 aa  52  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  24.42 
 
 		 316 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  25.49 
 
 		 318 aa  51.6  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  21.58 
 
 		 307 aa  51.6  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2840  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.35 
 
 		 252 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.339924  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5442  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  32.8 
 
 		 692 aa  51.2  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0409  methionyl-tRNA formyltransferase  24.38 
 
 		 313 aa  51.2  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0050  methionyl-tRNA formyltransferase  21.1 
 
 		 319 aa  50.8  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.977686  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0786  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.09 
 
 		 260 aa  50.4  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.994732  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  21.92 
 
 		 311 aa  50.4  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  25.49 
 
 		 318 aa  50.4  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3662  short chain enoyl-CoA hydratase  29.19 
 
 		 258 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.745999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  22.77 
 
 		 311 aa  50.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  26.82 
 
 		 315 aa  50.1  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4068  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.78 
 
 		 267 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  24.78 
 
 		 322 aa  48.9  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3779  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.78 
 
 		 260 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834377  normal  0.388082 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0754  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  42.22 
 
 		 695 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2953  1,4-dihydroxy-2-naphthoate synthase  28.95 
 
 		 259 aa  49.7  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1953  methionyl-tRNA formyltransferase  23.94 
 
 		 319 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  23.53 
 
 		 310 aa  49.7  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2371  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.72 
 
 		 254 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0385  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.21 
 
 		 243 aa  48.9  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11500  enoyl-CoA hydratase  35.62 
 
 		 285 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.708034  normal  0.0989201 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1550  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.32 
 
 		 261 aa  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3551  short chain enoyl-CoA hydratase  27.62 
 
 		 259 aa  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2224  putative methionyl-tRNA formyltransferase  30 
 
 		 230 aa  48.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0316  methionyl-tRNA formyltransferase  23.53 
 
 		 311 aa  48.1  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0205  methionyl-tRNA formyltransferase  27.55 
 
 		 303 aa  48.1  0.0005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1746  enoyl-CoA hydratase  34.42 
 
 		 699 aa  47.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0570089 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  27.4 
 
 		 305 aa  47.8  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  23.42 
 
 		 308 aa  47.8  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0373  methionyl-tRNA formyltransferase  22.48 
 
 		 308 aa  48.1  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1176  methionyl-tRNA formyltransferase  20.87 
 
 		 309 aa  48.1  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3163  enoyl-CoA hydratase  42.5 
 
 		 280 aa  47.8  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000989513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  24.24 
 
 		 327 aa  47.8  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0828  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.51 
 
 		 255 aa  47.8  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2741  enoyl-CoA hydratase  33.56 
 
 		 276 aa  47.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411296 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  22.8 
 
 		 327 aa  47.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2864  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  32.34 
 
 		 708 aa  47.8  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  24.24 
 
 		 313 aa  47.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4238  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  35.48 
 
 		 699 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.87479  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4073  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.95 
 
 		 258 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2135  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  33.11 
 
 		 686 aa  47.4  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.948561  normal  0.0173218 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  24.08 
 
 		 311 aa  47.4  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  22.73 
 
 		 313 aa  47.4  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.691189  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  23.17 
 
 		 318 aa  47.4  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  21.15 
 
 		 310 aa  47.4  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0371  enoyl-CoA hydratase  36.79 
 
 		 264 aa  46.6  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000104919  unclonable  0.0000000309848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4549  enoyl-CoA hydratase  38.46 
 
 		 276 aa  46.6  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273916  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7935  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.19 
 
 		 267 aa  47  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1645  short chain enoyl-CoA hydratase  36.23 
 
 		 257 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6043  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.92 
 
 		 258 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3669  enoyl-CoA hydratase  37.25 
 
 		 243 aa  47  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.517909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  26.58 
 
 		 311 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0758  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.91 
 
 		 259 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.229478  normal  0.176776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1761  formyl transferase domain protein  30.66 
 
 		 288 aa  47  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805724  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  26.39 
 
 		 313 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1512  enoyl-CoA hydratase  40.19 
 
 		 264 aa  46.2  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.288144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2902  enoyl-CoA hydratase  33.33 
 
 		 263 aa  45.8  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5111  methionyl-tRNA formyltransferase  25.57 
 
 		 318 aa  45.8  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.030161  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5891  formyl transferase domain-containing protein  26.96 
 
 		 284 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487641  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12694  enoyl-CoA hydratase  27.22 
 
 		 276 aa  46.2  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0814  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.78 
 
 		 262 aa  46.2  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134124  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0438  enoyl-CoA hydratase  37.65 
 
 		 261 aa  45.4  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2445  enoyl-CoA hydratase  34.01 
 
 		 277 aa  45.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2490  enoyl-CoA hydratase  34.01 
 
 		 277 aa  45.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.154881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>