More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1502 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  62.07 
 
 
302 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  57.84 
 
 
316 aa  346  3e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  56.25 
 
 
309 aa  342  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  56.25 
 
 
309 aa  342  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  55.9 
 
 
316 aa  333  1e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  54.14 
 
 
323 aa  331  8e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  55.9 
 
 
314 aa  329  4e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  52.23 
 
 
308 aa  322  6e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  55.86 
 
 
300 aa  321  7e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  52.23 
 
 
332 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  54.96 
 
 
301 aa  317  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  54.73 
 
 
313 aa  311  9e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  52.76 
 
 
315 aa  309  5e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  54.01 
 
 
325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
317 aa  296  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
311 aa  293  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  51.05 
 
 
309 aa  281  6.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 
326 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  45.73 
 
 
316 aa  279  3e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
318 aa  276  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  48.76 
 
 
309 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  47.95 
 
 
319 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 
311 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  46.5 
 
 
318 aa  265  8e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 
326 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
310 aa  264  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  48.97 
 
 
302 aa  263  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
320 aa  263  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 
310 aa  261  8.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 
303 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 
301 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
316 aa  260  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 
309 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
301 aa  259  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
314 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
313 aa  255  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  45.73 
 
 
305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  45.94 
 
 
316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
312 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  44.17 
 
 
315 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
315 aa  248  9e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 
315 aa  245  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
307 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
308 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 
314 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
314 aa  238  6.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 
315 aa  238  8e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 
299 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
299 aa  236  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  40.34 
 
 
316 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
297 aa  233  3e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
311 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 
311 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
320 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.02 
 
 
314 aa  228  9e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 
316 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
305 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
320 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
320 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
316 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
315 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 
324 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
320 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
320 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
316 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
320 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
327 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  43.55 
 
 
326 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 
325 aa  202  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
309 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
322 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
329 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
322 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
317 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
328 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
322 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  39.08 
 
 
325 aa  189  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
307 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
317 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 
322 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
317 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
317 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
322 aa  185  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 
329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
316 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 
329 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  38.36 
 
 
329 aa  182  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 
318 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
312 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>