164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1501 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  88.16 
 
 
473 aa  847    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  92.18 
 
 
473 aa  880    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  79.49 
 
 
470 aa  760    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  92.39 
 
 
473 aa  889    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  84.99 
 
 
473 aa  842    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  76.24 
 
 
476 aa  737    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  79.91 
 
 
470 aa  766    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  92.18 
 
 
473 aa  880    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  80.21 
 
 
471 aa  773    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  88.11 
 
 
472 aa  840    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  80.21 
 
 
471 aa  751    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  80.13 
 
 
471 aa  765    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  75.16 
 
 
472 aa  743    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  89.22 
 
 
473 aa  875    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  86.68 
 
 
473 aa  835    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  87.1 
 
 
473 aa  860    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  76.46 
 
 
472 aa  738    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  79.79 
 
 
472 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  84.78 
 
 
473 aa  842    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 
473 aa  986    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  75.59 
 
 
476 aa  732    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  76.46 
 
 
472 aa  738    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  83.93 
 
 
473 aa  810    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  83.93 
 
 
473 aa  810    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  80.13 
 
 
471 aa  765    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  80.13 
 
 
471 aa  765    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  79.49 
 
 
470 aa  760    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  79.91 
 
 
470 aa  765    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  80.34 
 
 
471 aa  766    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  83.3 
 
 
473 aa  807    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  79.49 
 
 
473 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  82.66 
 
 
473 aa  818    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  84.65 
 
 
479 aa  833    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  74.52 
 
 
476 aa  729    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  83.3 
 
 
473 aa  807    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  76.24 
 
 
476 aa  729    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  79.91 
 
 
470 aa  765    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  76.66 
 
 
472 aa  745    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  59.66 
 
 
482 aa  578  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  59.49 
 
 
480 aa  573  1.0000000000000001e-162  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  57.6 
 
 
521 aa  547  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  57.17 
 
 
485 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  56.32 
 
 
485 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  56.53 
 
 
485 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 
486 aa  541  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  56.56 
 
 
484 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  55.91 
 
 
489 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  56.53 
 
 
523 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  55.91 
 
 
488 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  55.91 
 
 
488 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  57.78 
 
 
488 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  57.17 
 
 
487 aa  537  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  56.93 
 
 
488 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 
486 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  57.57 
 
 
488 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  57.45 
 
 
499 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  57.02 
 
 
501 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  56.34 
 
 
488 aa  532  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  56.99 
 
 
486 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  56.99 
 
 
486 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  56.13 
 
 
486 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  54.78 
 
 
492 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  55.7 
 
 
493 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  54.64 
 
 
489 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  44.65 
 
 
421 aa  310  4e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  40.5 
 
 
420 aa  306  5.0000000000000004e-82  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  38.69 
 
 
428 aa  298  2e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  39.45 
 
 
430 aa  288  1e-76  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  38.58 
 
 
430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  38.78 
 
 
443 aa  269  7e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  36.7 
 
 
418 aa  249  7e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.35 
 
 
399 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.2 
 
 
399 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.27 
 
 
390 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  37.44 
 
 
403 aa  233  5e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  36.16 
 
 
423 aa  228  2e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  31.14 
 
 
474 aa  168  2e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  32.44 
 
 
459 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  33.18 
 
 
461 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  31.11 
 
 
459 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  33.03 
 
 
461 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  31.69 
 
 
461 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  31.11 
 
 
459 aa  158  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  31.8 
 
 
459 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  31.92 
 
 
466 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  32.88 
 
 
461 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  31.8 
 
 
459 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  33.25 
 
 
461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  32.24 
 
 
459 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3767  ribulose bisphosphate carboxylase  32.47 
 
 
460 aa  153  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  32.85 
 
 
459 aa  152  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  31.33 
 
 
459 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2155  ribulose bisphosphate carboxylase  31.33 
 
 
459 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0198342  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  30.36 
 
 
459 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  26.27 
 
 
429 aa  133  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30 
 
 
428 aa  126  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  26.25 
 
 
425 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  27.27 
 
 
418 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.39 
 
 
423 aa  123  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.67 
 
 
433 aa  120  6e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>