More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1388 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 362 aa  744    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 304 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  87.71 
 
 		 309 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  87.71 
 
 		 309 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  86.14 
 
 		 309 aa  519  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  79.46 
 
 		 300 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  73.33 
 
 		 327 aa  503  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  79.46 
 
 		 301 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  79.12 
 
 		 300 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 301 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 327 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  78.79 
 
 		 301 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 327 aa  498  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  79.46 
 
 		 300 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 301 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 		 307 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 304 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  71 
 
 		 307 aa  442  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  68.95 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 324 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 321 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  65.92 
 
 		 325 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 310 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  65.89 
 
 		 300 aa  411  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  63.31 
 
 		 314 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  52.17 
 
 		 303 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  51.5 
 
 		 303 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  51.84 
 
 		 303 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 331 aa  331  9e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 303 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 303 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 303 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 303 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 303 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 304 aa  324  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  51.84 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  49.67 
 
 		 302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  319  5e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 303 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 303 aa  319  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 321 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 321 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  317  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 301 aa  315  7e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 301 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.14 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 307 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 307 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 302 aa  249  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 309 aa  239  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 303 aa  233  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  230  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 324 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.77 
 
 		 293 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  227  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 335 aa  225  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 314 aa  225  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.3 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 301 aa  223  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.89 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>