More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1387 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1387  hypothetical protein  100 
 
 
144 aa  296  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00373989  normal  0.527764 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1954  hypothetical protein  90.97 
 
 
144 aa  275  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1299  UspA domain protein  78.47 
 
 
144 aa  245  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0196706  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1233  UspA domain protein  78.47 
 
 
144 aa  245  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.997743  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1359  hypothetical protein  77.78 
 
 
168 aa  241  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1587  universal stress protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.240234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2525  universal stress family protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.245766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2614  universal stress protein family protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.586253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3223  universal stress protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2471  universal stress family protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2089  universal stress protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150804  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1362  universal stress family protein  68.06 
 
 
144 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5358  universal stress protein  66.67 
 
 
144 aa  207  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.974267  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1997  universal stress protein  66.67 
 
 
144 aa  206  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0827286  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1228  UspA domain-containing protein  66.67 
 
 
144 aa  206  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.156365 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1369  UspA domain-containing protein  65.97 
 
 
144 aa  204  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.981582 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1951  UspA domain-containing protein  65.28 
 
 
144 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.348575 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2081  UspA domain-containing protein  65.28 
 
 
144 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2487  UspA domain protein  63.89 
 
 
144 aa  200  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0465125  hitchhiker  0.000264577 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1650  universal stress protein  63.19 
 
 
144 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629264  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6028  hypothetical protein  66.67 
 
 
144 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.999121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2049  UspA domain-containing protein  66.67 
 
 
144 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.765605  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2068  UspA domain-containing protein  66.67 
 
 
144 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.960208  normal  0.914393 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4323  UspA domain protein  57.53 
 
 
146 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.729204  normal  0.0224521 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4213  UspA domain protein  57.53 
 
 
146 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501381  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1112  hypothetical protein  54.86 
 
 
144 aa  165  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.619921  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05426  hypothetical protein  54.79 
 
 
146 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0991  hypothetical protein  50.34 
 
 
147 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1284  UspA domain protein  50.34 
 
 
147 aa  140  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1676  hypothetical protein  48.61 
 
 
143 aa  137  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0267  universal stress protein  48.28 
 
 
145 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.793437  normal  0.0161119 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2637  hypothetical protein  46.53 
 
 
144 aa  123  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3338  UspA domain-containing protein  42.36 
 
 
144 aa  122  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4660  putative universal stress protein (Usp)  44.37 
 
 
144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.969367  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  43.45 
 
 
156 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2524  UspA domain-containing protein  41.78 
 
 
149 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2772  UspA domain-containing protein  46.31 
 
 
147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0788  UspA domain-containing protein  37.41 
 
 
147 aa  106  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.523142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1926  hypothetical protein  40.27 
 
 
147 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1173  UspA domain-containing protein  43.92 
 
 
147 aa  105  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.761945  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1519  UspA domain-containing protein  42.57 
 
 
148 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0716802  normal  0.348047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0997  UspA domain protein  41.89 
 
 
147 aa  104  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1081  UspA domain-containing protein  41.89 
 
 
147 aa  104  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952859  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2815  UspA domain protein  40.54 
 
 
147 aa  104  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0183337  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4983  hypothetical protein  38.19 
 
 
145 aa  103  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4308  hypothetical protein  41.22 
 
 
147 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00896563  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3206  UspA domain protein  41.5 
 
 
151 aa  101  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4260  UspA domain protein  39.19 
 
 
148 aa  97.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2230  UspA domain-containing protein  39.31 
 
 
171 aa  94.7  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0395018 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1016  UspA domain-containing protein  39.47 
 
 
149 aa  93.2  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.597353  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0463  UspA domain-containing protein  40 
 
 
146 aa  92.8  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4074  hypothetical protein  35.4 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  36.11 
 
 
145 aa  90.9  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2683  universal stress protein UspA  39.04 
 
 
148 aa  90.1  8e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0644  UspA domain-containing protein  38.89 
 
 
145 aa  90.1  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.577691 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1055  universal stress protein  37.16 
 
 
148 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3459  hypothetical protein  34.72 
 
 
145 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450632  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  36.11 
 
 
145 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0249  UspA domain-containing protein  35.17 
 
 
147 aa  89.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0994  universal stress protein  37.16 
 
 
148 aa  89.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1821  UspA domain-containing protein  34.46 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1966  universal stress protein  38.82 
 
 
149 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1892  universal stress protein  38.82 
 
 
149 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0327911  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  34.03 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0118  UspA domain-containing protein  37.58 
 
 
144 aa  81.6  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.385941 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3980  universal stress protein  39.6 
 
 
149 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  35.42 
 
 
143 aa  80.1  0.000000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3655  UspA domain protein  36.11 
 
 
147 aa  79.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850888  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3875  hypothetical protein  39.86 
 
 
146 aa  78.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1929  UspA domain-containing protein  38.51 
 
 
146 aa  78.2  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 
145 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  37.84 
 
 
148 aa  78.2  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3943  UspA domain protein  35.57 
 
 
148 aa  77.8  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1732  UspA domain protein  38.51 
 
 
146 aa  77.4  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1603  UspA domain protein  32.41 
 
 
208 aa  77  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1457  UspA domain-containing protein  32.41 
 
 
145 aa  76.3  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2088  UspA domain-containing protein  35.37 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0358891 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1496  UspA domain protein  33.33 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.828394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3490  universal stress protein  32.43 
 
 
147 aa  75.9  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.267161  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1541  hypothetical protein  34.27 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3154  UspA domain-containing protein  35.11 
 
 
145 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.759591  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0228  UspA domain protein  35.48 
 
 
144 aa  73.6  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.115538 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3773  UspA domain protein  32.43 
 
 
152 aa  73.6  0.0000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 
145 aa  73.2  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0624  UspA domain-containing protein  35.14 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1352  UspA domain protein  37.24 
 
 
146 aa  72  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.012903 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3368  hypothetical protein  33.33 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  34.69 
 
 
153 aa  72.8  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4434  UspA domain-containing protein  29.45 
 
 
158 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.947422 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  32.87 
 
 
150 aa  72  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  31.33 
 
 
155 aa  70.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  31.29 
 
 
155 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  30.56 
 
 
145 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  34.27 
 
 
140 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  32.88 
 
 
150 aa  70.1  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0442  universal stress protein  31.08 
 
 
200 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  34.75 
 
 
297 aa  68.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0036  universal stress protein  28.97 
 
 
155 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  28.1 
 
 
149 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>