More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1385 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4469  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0668028  normal  0.0385997 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1368  isocitrate lyase  84.1 
 
 
434 aa  767    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.871931  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  71.2 
 
 
440 aa  640    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03887  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  71.2 
 
 
435 aa  634    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3982  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2088  isocitrate lyase  83.75 
 
 
475 aa  758    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00747543  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4249  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  71.4 
 
 
441 aa  650    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1358  isocitrate lyase  86.01 
 
 
443 aa  786    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.355427  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  71.2 
 
 
441 aa  637    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1229  isocitrate lyase  72.04 
 
 
425 aa  656    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154992  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  71.43 
 
 
441 aa  639    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  71.89 
 
 
440 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  70.48 
 
 
441 aa  644    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1052  isocitrate lyase  72.04 
 
 
425 aa  655    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203555  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1027  isocitrate lyase  71.56 
 
 
425 aa  652    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.156161  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1030  isocitrate lyase  72.04 
 
 
425 aa  655    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1586  isocitrate lyase  84.14 
 
 
435 aa  757    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0742206  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1865  isocitrate lyase  74.4 
 
 
430 aa  639    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1361  isocitrate lyase  84.14 
 
 
435 aa  757    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3389  isocitrate lyase  71.62 
 
 
441 aa  651    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.580592 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  71.43 
 
 
441 aa  639    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  70.25 
 
 
441 aa  644    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2524  isocitrate lyase  84.14 
 
 
435 aa  757    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1017  isocitrate lyase  73.25 
 
 
430 aa  639    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  73.32 
 
 
432 aa  668    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1377  isocitrate lyase  73.3 
 
 
429 aa  655    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.228552  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4157  isocitrate lyase  71.56 
 
 
425 aa  651    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0289432  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1961  isocitrate lyase  92.09 
 
 
431 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2067  isocitrate lyase  83.68 
 
 
435 aa  756    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94036  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2613  isocitrate lyase  84.14 
 
 
435 aa  757    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  71.43 
 
 
441 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1033  isocitrate lyase  72.27 
 
 
425 aa  657    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00237406  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4509  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  634    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  71.62 
 
 
441 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5357  isocitrate lyase  83.91 
 
 
435 aa  756    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  72.47 
 
 
428 aa  666    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  72.53 
 
 
428 aa  648    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1132  isocitrate lyase  72.04 
 
 
425 aa  655    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00988678  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1287  isocitrate lyase  71.8 
 
 
425 aa  653    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000193732  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1998  isocitrate lyase  84.37 
 
 
435 aa  757    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.223202  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1210  isocitrate lyase  72.04 
 
 
425 aa  655    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1232  isocitrate lyase  85.25 
 
 
434 aa  783    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635123  normal  0.851055 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4015  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.857815  normal  0.048313 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1335  isocitrate lyase  73.66 
 
 
439 aa  663    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.738901  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3687  isocitrate lyase  71.17 
 
 
441 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.978448  normal  0.141916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2101  isocitrate lyase  73.89 
 
 
439 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0829587 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1651  isocitrate lyase  83.41 
 
 
434 aa  763    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.232298  normal  0.0282677 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3224  isocitrate lyase  83.75 
 
 
475 aa  758    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  72.98 
 
 
441 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2470  isocitrate lyase  84.14 
 
 
435 aa  757    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3449  putative isocitrate lyase  73.32 
 
 
430 aa  637    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0890897  normal  0.292148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2860  isocitrate lyase  75.76 
 
 
439 aa  682    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0040  isocitrate lyase  72.99 
 
 
426 aa  652    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1385  isocitrate lyase  100 
 
 
431 aa  893    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0156425  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  76.85 
 
 
443 aa  694    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1295  isocitrate lyase  85.25 
 
 
434 aa  783    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0485225  normal  0.330509 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6029  isocitrate lyase  83.68 
 
 
435 aa  755    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1950  isocitrate lyase  83.68 
 
 
435 aa  759    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8838  normal  0.412611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2490  isocitrate lyase  75.48 
 
 
429 aa  671    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000238202  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  72.94 
 
 
428 aa  671    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0854  isocitrate lyase  71.33 
 
 
425 aa  656    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00269898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1276  isocitrate lyase  72.29 
 
 
450 aa  648    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  72.58 
 
 
440 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  71 
 
 
432 aa  655    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  72.35 
 
 
440 aa  646    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  71.63 
 
 
432 aa  649    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  72.52 
 
 
438 aa  639    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1402  isocitrate lyase  74.28 
 
 
422 aa  662    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4557  isocitrate lyase  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2486  isocitrate lyase  83.18 
 
 
434 aa  760    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  hitchhiker  0.000410073 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2080  isocitrate lyase  83.45 
 
 
435 aa  759    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.250902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1182  isocitrate lyase  71.56 
 
 
425 aa  651    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00317473  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2855  isocitrate lyase  76.22 
 
 
439 aa  675    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03847  hypothetical protein  71.03 
 
 
434 aa  635    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28360  isocitrate lyase  72.45 
 
 
432 aa  646    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.721222  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1869  isocitrate lyase  76.22 
 
 
439 aa  686    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.612764  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2048  isocitrate lyase  83.68 
 
 
435 aa  755    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1748  isocitrate lyase  71.4 
 
 
441 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.191807 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0189  isocitrate lyase  80.85 
 
 
433 aa  726    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0259015  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  72.58 
 
 
440 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1229  isocitrate lyase  83.91 
 
 
435 aa  760    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.19821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  72.98 
 
 
439 aa  646    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5485  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  633  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4593  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  70.34 
 
 
434 aa  630  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4395  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1009  isocitrate lyase  71.6 
 
 
429 aa  629  1e-179  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4520  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4517  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  70.57 
 
 
436 aa  628  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4430  isocitrate lyase  70.8 
 
 
434 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2449  isocitrate lyase  69.75 
 
 
436 aa  627  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.155678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  69.59 
 
 
435 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0107  isocitrate lyase  70.81 
 
 
428 aa  622  1e-177  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.19864  normal  0.815219 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0629  isocitrate lyase  71.29 
 
 
428 aa  623  1e-177  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4375  isocitrate lyase  68.96 
 
 
428 aa  624  1e-177  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10474  isocitrate lyase icl  71.53 
 
 
428 aa  623  1e-177  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  70.21 
 
 
437 aa  624  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>