More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1267 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  94.53 
 
 
512 aa  910    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  87.48 
 
 
514 aa  816    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  100 
 
 
512 aa  998    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.74 
 
 
485 aa  673    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  39.96 
 
 
503 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.81 
 
 
489 aa  267  4e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  33.47 
 
 
479 aa  259  9e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  37.82 
 
 
512 aa  258  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
482 aa  253  8.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.84 
 
 
483 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.45 
 
 
493 aa  252  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.57 
 
 
473 aa  251  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  35.68 
 
 
479 aa  246  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.48 
 
 
479 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.88 
 
 
494 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.64 
 
 
473 aa  236  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.21 
 
 
497 aa  235  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.54 
 
 
501 aa  234  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.52 
 
 
520 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.42 
 
 
486 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.73 
 
 
489 aa  231  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.46 
 
 
502 aa  231  3e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.48 
 
 
509 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.99 
 
 
471 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
495 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.36 
 
 
501 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.78 
 
 
471 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.78 
 
 
471 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.76 
 
 
512 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.11 
 
 
487 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.58 
 
 
485 aa  224  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
471 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.67 
 
 
513 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.12 
 
 
465 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
462 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.15 
 
 
529 aa  223  8e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.77 
 
 
479 aa  223  9e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  36.11 
 
 
465 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.21 
 
 
483 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.91 
 
 
490 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.49 
 
 
486 aa  221  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.97 
 
 
511 aa  219  7e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.27 
 
 
486 aa  218  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  34.18 
 
 
511 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  36.42 
 
 
486 aa  217  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  37.31 
 
 
470 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.49 
 
 
500 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.88 
 
 
525 aa  216  7e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  33.96 
 
 
479 aa  216  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  38.05 
 
 
480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.65 
 
 
486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  36.51 
 
 
472 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.66 
 
 
481 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.07 
 
 
515 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.2 
 
 
495 aa  212  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  38.38 
 
 
487 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.09 
 
 
504 aa  209  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  36.54 
 
 
472 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.41 
 
 
558 aa  209  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.22 
 
 
490 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.88 
 
 
520 aa  209  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  34.35 
 
 
491 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.86 
 
 
483 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
470 aa  207  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.42 
 
 
488 aa  206  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
495 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.24 
 
 
569 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00459  outer membrane protein OprN  36.53 
 
 
497 aa  205  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.81 
 
 
495 aa  203  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.48 
 
 
482 aa  203  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.15 
 
 
495 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.72 
 
 
546 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.05 
 
 
499 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.48 
 
 
512 aa  200  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.66 
 
 
518 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
496 aa  200  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
496 aa  200  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
499 aa  199  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
532 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.18 
 
 
486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
499 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
486 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.79 
 
 
486 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.25 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.87 
 
 
484 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.45 
 
 
484 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.86 
 
 
533 aa  196  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.23 
 
 
492 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.55 
 
 
493 aa  196  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.61 
 
 
475 aa  196  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.43 
 
 
502 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
486 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.67 
 
 
504 aa  194  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.97 
 
 
482 aa  193  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  31.78 
 
 
547 aa  193  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.47 
 
 
521 aa  193  6e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
493 aa  193  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.72 
 
 
489 aa  193  7e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
495 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
495 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>