More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1226 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  89.92 
 
 		 395 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 397 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  74.66 
 
 		 392 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  68.94 
 
 		 393 aa  568  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  72.43 
 
 		 390 aa  563  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  72.12 
 
 		 389 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  70.92 
 
 		 390 aa  551  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  72.02 
 
 		 387 aa  550  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  68.23 
 
 		 395 aa  531  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  70.44 
 
 		 394 aa  534  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  67.87 
 
 		 390 aa  520  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  61.98 
 
 		 390 aa  514  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  61.99 
 
 		 395 aa  511  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  64.34 
 
 		 387 aa  514  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  62.76 
 
 		 395 aa  514  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  66.23 
 
 		 406 aa  507  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  59.64 
 
 		 395 aa  493  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  59.3 
 
 		 402 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  58.87 
 
 		 402 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  51.41 
 
 		 392 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  53.15 
 
 		 392 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  39.43 
 
 		 390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  35.61 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  36.14 
 
 		 399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  35.17 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  34.27 
 
 		 390 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  35.44 
 
 		 389 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 		 412 aa  204  3e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  35.33 
 
 		 389 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 		 388 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  32.91 
 
 		 391 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  33.04 
 
 		 401 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 		 389 aa  186  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 390 aa  183  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 400 aa  183  6e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  35.8 
 
 		 398 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 		 389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 391 aa  177  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 386 aa  176  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 379 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  35.39 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 		 391 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 		 401 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 		 413 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 395 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.57 
 
 		 392 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 414 aa  159  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 		 395 aa  159  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  34.11 
 
 		 399 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 		 390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  31.83 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 392 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 		 399 aa  150  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 388 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 388 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  30.22 
 
 		 392 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 395 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 		 423 aa  145  9e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 426 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  28.13 
 
 		 393 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 413 aa  144  4e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 		 392 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.32 
 
 		 399 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  29.77 
 
 		 392 aa  141  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.53 
 
 		 393 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 376 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 390 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 		 384 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 390 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 391 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.11 
 
 		 390 aa  133  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 425 aa  133  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  28.84 
 
 		 390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 		 391 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 394 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  27.01 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.48 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.22 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.22 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.61 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 470 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>