More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1110 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 397 aa  808    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  66.92 
 
 		 413 aa  520  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.29 
 
 		 405 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.68 
 
 		 400 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.68 
 
 		 400 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.34 
 
 		 408 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.53 
 
 		 403 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.41 
 
 		 392 aa  335  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.79 
 
 		 388 aa  325  8.000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  43.42 
 
 		 400 aa  323  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  46.97 
 
 		 398 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  49.62 
 
 		 396 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  47 
 
 		 394 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.31 
 
 		 421 aa  298  9e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.26 
 
 		 402 aa  295  8e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  42.78 
 
 		 418 aa  286  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.15 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.03 
 
 		 362 aa  267  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.19 
 
 		 392 aa  260  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  42.32 
 
 		 453 aa  243  3e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  37.95 
 
 		 484 aa  230  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.49 
 
 		 419 aa  207  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.46 
 
 		 411 aa  199  7.999999999999999e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.38 
 
 		 415 aa  198  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.6 
 
 		 416 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.79 
 
 		 411 aa  196  7e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.1 
 
 		 428 aa  195  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.63 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.22 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 429 aa  187  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.68 
 
 		 416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.72 
 
 		 418 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.25 
 
 		 410 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.94 
 
 		 442 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.65 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.86 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 417 aa  169  8e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.93 
 
 		 402 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.94 
 
 		 508 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  34.44 
 
 		 402 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.01 
 
 		 404 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.49 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.25 
 
 		 414 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.29 
 
 		 440 aa  163  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.95 
 
 		 430 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.27 
 
 		 409 aa  159  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.58 
 
 		 408 aa  156  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  33.24 
 
 		 414 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.25 
 
 		 416 aa  155  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.96 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.96 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.11 
 
 		 414 aa  152  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  32.02 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  32.59 
 
 		 414 aa  150  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 414 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 414 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.05 
 
 		 414 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  27.49 
 
 		 412 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.68 
 
 		 428 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  32.21 
 
 		 414 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 		 418 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 		 417 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.25 
 
 		 407 aa  142  8e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  28.28 
 
 		 435 aa  142  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  30.97 
 
 		 416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  32.74 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 		 417 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  30.93 
 
 		 445 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  31.52 
 
 		 417 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  29.33 
 
 		 417 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  27.05 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 		 417 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 		 416 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  30.88 
 
 		 443 aa  137  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  31.69 
 
 		 419 aa  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  31.69 
 
 		 419 aa  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  30.59 
 
 		 443 aa  136  8e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 414 aa  136  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 416 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 		 417 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  31.56 
 
 		 425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  27.52 
 
 		 402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  28.45 
 
 		 417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.69 
 
 		 404 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.14 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 		 418 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  30.64 
 
 		 414 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 		 401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  27.93 
 
 		 384 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>