More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1104 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  54.52 
 
 
727 aa  784    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  55.43 
 
 
727 aa  784    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  55.71 
 
 
726 aa  809    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
728 aa  1488    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1819  TonB-dependent siderophore receptor  38.81 
 
 
742 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258829  decreased coverage  0.00296293 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0225  TonB-dependent siderophore receptor  37.43 
 
 
707 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3345  TonB-dependent siderophore receptor  38.21 
 
 
738 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2864  TonB-dependent siderophore receptor  37.43 
 
 
707 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0243  TonB-dependent siderophore receptor  37.43 
 
 
707 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4499  TonB-dependent siderophore receptor  36.38 
 
 
706 aa  416  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.883355  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  35.91 
 
 
715 aa  360  6e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3692  TonB-dependent siderophore receptor  34.12 
 
 
685 aa  339  9e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.235893  normal  0.294422 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  30.72 
 
 
774 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  31 
 
 
744 aa  284  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 
716 aa  282  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  29.2 
 
 
730 aa  273  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  29.49 
 
 
719 aa  269  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  30.93 
 
 
746 aa  267  4e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  30.42 
 
 
755 aa  265  2e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0174  TonB-dependent siderophore receptor  29.64 
 
 
772 aa  262  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.191382 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 
718 aa  261  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  30.95 
 
 
802 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  29.35 
 
 
743 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  32.53 
 
 
768 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  29.08 
 
 
743 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3544  TonB-dependent siderophore receptor  28.11 
 
 
727 aa  253  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  29.17 
 
 
742 aa  253  8.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  30.18 
 
 
729 aa  251  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  28.65 
 
 
728 aa  251  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  30.09 
 
 
772 aa  251  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  30.09 
 
 
772 aa  251  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
729 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  28.81 
 
 
743 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  29.24 
 
 
710 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 
725 aa  248  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  30.87 
 
 
808 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1088  TonB-dependent siderophore receptor  30.18 
 
 
737 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  29.04 
 
 
811 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
731 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  29.23 
 
 
811 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  29.79 
 
 
726 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  28.94 
 
 
751 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 
743 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 
743 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
743 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  29.8 
 
 
804 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 
729 aa  243  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0366  TonB-dependent siderophore receptor  27.67 
 
 
750 aa  243  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167728  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  30.21 
 
 
804 aa  243  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  29.8 
 
 
777 aa  242  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  29.61 
 
 
762 aa  242  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  28.73 
 
 
705 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  29.62 
 
 
710 aa  241  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 
753 aa  241  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  29.8 
 
 
804 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  30.43 
 
 
730 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  27.77 
 
 
698 aa  238  3e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 
702 aa  238  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  28.75 
 
 
722 aa  237  6e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  29.19 
 
 
722 aa  234  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 
702 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  28.74 
 
 
712 aa  234  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  28.47 
 
 
746 aa  233  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  29.81 
 
 
754 aa  233  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39890  TonB-dependent siderophore receptor  29.14 
 
 
708 aa  232  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596471  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  28.04 
 
 
710 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  29.32 
 
 
805 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02690  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.57 
 
 
704 aa  230  7e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  28.02 
 
 
728 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  28.74 
 
 
771 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  29.05 
 
 
819 aa  228  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  29.54 
 
 
737 aa  226  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  29.72 
 
 
823 aa  225  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 
801 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6957  TonB-dependent siderophore receptor  29.28 
 
 
749 aa  224  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 
801 aa  224  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 
800 aa  224  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1183  TonB-dependent siderophore receptor  26.69 
 
 
757 aa  223  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  27.33 
 
 
730 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  27.97 
 
 
728 aa  220  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 
734 aa  219  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  28.69 
 
 
809 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  28.3 
 
 
804 aa  218  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  27.49 
 
 
724 aa  217  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  28.12 
 
 
758 aa  217  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3800  TonB-dependent siderophore receptor  28.77 
 
 
712 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5029  TonB-dependent siderophore receptor  28.03 
 
 
708 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  26.53 
 
 
761 aa  213  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.81 
 
 
724 aa  211  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.17 
 
 
727 aa  210  9e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  25.71 
 
 
729 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  27.95 
 
 
764 aa  204  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2858  TonB-dependent siderophore receptor  27.71 
 
 
756 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578501  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  27.74 
 
 
724 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2394  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 
729 aa  200  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4013  TonB-dependent siderophore receptor  28.65 
 
 
879 aa  196  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.302904 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1610  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
733 aa  195  3e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  27.38 
 
 
761 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4403  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 
773 aa  194  7e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109366 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2294  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 
773 aa  192  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.542737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>