280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0640 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  100 
 
 
325 aa  648    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  80.31 
 
 
325 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  72 
 
 
325 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  59.81 
 
 
325 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  57.7 
 
 
325 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  58.01 
 
 
325 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  58.31 
 
 
325 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  59.81 
 
 
325 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  58.31 
 
 
325 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  57.1 
 
 
325 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  60.92 
 
 
325 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  60.62 
 
 
325 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  60.62 
 
 
325 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  61.77 
 
 
325 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  54.91 
 
 
326 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  53.23 
 
 
325 aa  334  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  51.53 
 
 
323 aa  329  3e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  46.93 
 
 
325 aa  285  8e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  45.9 
 
 
325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  45 
 
 
330 aa  281  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  47.09 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  40.39 
 
 
321 aa  216  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  37.99 
 
 
321 aa  205  8e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  35.28 
 
 
325 aa  202  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  39.26 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  37.13 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  36.73 
 
 
332 aa  191  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  35.65 
 
 
320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1160  Type II secretion system F domain protein  31.95 
 
 
323 aa  187  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  37.29 
 
 
320 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  36.48 
 
 
322 aa  179  8e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  37.63 
 
 
320 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  34.01 
 
 
322 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  45.09 
 
 
322 aa  176  7e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2117  type II secretion system protein  40.93 
 
 
323 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.215511  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1054  type II secretion system protein  32 
 
 
320 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  34.45 
 
 
321 aa  166  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3207  type II secretion system protein  33.02 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.19811 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2699  type II secretion system protein  33.55 
 
 
321 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  32.05 
 
 
321 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2365  Flp pilus assembly protein TadB  32.8 
 
 
325 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0315564  normal  0.0552567 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  33.6 
 
 
328 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1042  Type II secretion system F domain protein  42.63 
 
 
313 aa  146  5e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.205171  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  31.27 
 
 
317 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3211  type II secretion system protein  41.62 
 
 
332 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.515921 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  31.06 
 
 
310 aa  142  8e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2934  type II secretion system protein  32.76 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2350  type II secretion system protein  31.48 
 
 
322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2570  type II secretion system protein  31.4 
 
 
314 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0301  type II secretion system protein  32.22 
 
 
322 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  29.75 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1832  type II secretion system protein  30.22 
 
 
316 aa  136  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2922  putative type II secretion system protein F  34.87 
 
 
282 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.840651  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1275  type II secretion system protein  37.81 
 
 
327 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  32.39 
 
 
324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1681  type II secretion system protein  37.31 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000554602 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2020  type II secretion system protein  32.6 
 
 
325 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.243296  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6877  type II secretion system protein  34.03 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44202  normal  0.236488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1904  putative Flp pilus assembly protein TadB  31.89 
 
 
322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0239588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0553  type II secretion system protein  31.89 
 
 
322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  36.7 
 
 
325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3421  Type II secretion system F domain protein  38.46 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.735611  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4347  type II secretion system protein  35.82 
 
 
275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.277812  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  31.56 
 
 
333 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2926  type II secretion system protein  38.38 
 
 
316 aa  130  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194464  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2649  type II secretion system protein  37.16 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1851  type II secretion system protein  39.01 
 
 
660 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00122698  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1125  type II secretion system protein  29.1 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517135  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4156  type II secretion system protein  34.58 
 
 
323 aa  129  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  35.52 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  31.71 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1018  type II secretion system protein  32.89 
 
 
336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4614  type II secretion system protein  36.68 
 
 
329 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3117  type II secretion system protein  37.17 
 
 
326 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  27.55 
 
 
337 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1724  type II secretion system protein  32.61 
 
 
315 aa  123  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2308  Type II secretion system F domain protein  35.33 
 
 
284 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0248  type II secretion system protein  36.79 
 
 
290 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4189  type II secretion system protein  30.4 
 
 
325 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54214  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0993  type II secretion system protein  31.14 
 
 
322 aa  122  7e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3351  type II secretion system protein  34.68 
 
 
335 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  26.86 
 
 
335 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  34.74 
 
 
327 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  30.03 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  32.93 
 
 
324 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  31.43 
 
 
323 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  27.83 
 
 
335 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2053  type II secretion system protein  31.08 
 
 
325 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000824726  normal  0.0936478 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  29.17 
 
 
334 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3932  type II secretion system protein  29.05 
 
 
325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0420764  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  32.93 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  29.7 
 
 
322 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  30.03 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  34.81 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5121  type II secretion system protein  32.78 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0725578 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3491  type II secretion system protein  33.53 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0435404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2831  type II secretion system protein  30.03 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532359  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3425  type II secretion system protein  28.83 
 
 
325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.263373  normal  0.657196 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  31.49 
 
 
336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1889  type II secretion system protein  34.43 
 
 
331 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>